合同原件甲方一式三份，多余的部分可以按照以下方式处理：

1. 存档备用：

   • 甲方可以保留一份多余的合同原件作为存档备用。这样做的好处是，在需要查阅或核对合同内容时，可以随时取用，无需再向其他合同持有方借阅或复印。
   • 存档备用的合同原件应妥善保管，避免丢失或损坏，以确保其法律效力和可查阅性。

2. 分发给相关利益方：

   • 如果合同涉及多个相关利益方（如乙方、担保方、监管机构等），且这些方需要持有合同原件以履行其职责或保障其权益，甲方可以考虑将多余的合同原件分发给这些方。
   • 在分发前，甲方应确保这些方对合同内容无异议，并要求他们妥善保管合同原件，避免泄露或滥用。

3. 销毁处理：

   • 如果甲方认为多余的合同原件没有存档或分发的必要，且担心其可能被不当使用或泄露合同信息，可以选择对其进行销毁处理。
   • 销毁时应确保合同原件被完全破坏，无法恢复或复制，以保障合同信息的安全。

4. 法律合规性考虑：

   • 在处理多余的合同原件时，甲方应遵守相关法律法规的规定，确保处理方式的合法性和合规性。
   • 例如，如果合同涉及商业秘密或个人隐私等敏感信息，甲方在销毁或分发合同原件时应采取相应的保密措施，以避免信息泄露和法律风险。

额外建议：

• 在处理多余的合同原件前，甲方应仔细审查合同条款，了解是否有关于合同原件数量、保管和使用的特殊约定。
• 如果合同中有相关约定，甲方应按照约定处理多余的合同原件，以避免违反合同条款和引发法律纠纷。
• 如果甲方对如何处理多余的合同原件存在疑问或不确定，可以随时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。