当医师决定辞职并需要离开其执业岗位时，医疗机构需要按照相关规定进行备案。以下是详细的备案流程和注意事项：

一、备案依据

根据《医师执业注册管理办法》第十九条的规定，医师注册后有调离、退休、退职、被辞退、开除或省级以上卫生计生行政部门规定的其他情形时，其所在的医疗、预防、保健机构应当自办理相关手续之日起30日内报注册主管部门，办理备案。若备案满2年且医师未继续执业，则予以注销。

二、备案流程

1. 准备材料：

   • 医师执业注册备案书（需填写完整并签字确认）
   • 申请人身份证明复印件（确保身份信息清晰可辨）

2. 提交申请：

   • 医疗机构应指派专人负责将准备好的备案材料提交至注册主管部门。提交方式可以选择现场提交或网上提交（如当地卫生计生行政部门提供网上政务服务平台）。
   • 现场提交地点通常为当地政务服务中心的卫生计生行政部门窗口，具体地址可咨询当地卫生计生行政部门或查阅相关公告。
   • 网上提交则需登录当地卫生计生行政部门的网上政务服务平台，按照提示填写相关信息并上传备案材料。

3. 审核与备案：

   • 注册主管部门在收到备案材料后，会进行审核。审核内容主要包括材料的完整性、真实性和合规性。
   • 若审核通过，注册主管部门会在规定时间内完成备案手续，并可能出具备案证明或相关通知。

三、注意事项

1. 时限要求：

   • 医疗机构应在医师办理辞职等相关手续之日起30日内完成备案申请，以确保备案的及时性和有效性。

2. 材料真实性：

   • 提交的备案材料必须真实、准确、完整，不得有虚假或误导性信息。否则，可能面临法律责任和行政处罚。

3. 后续管理：

   • 备案满2年后，若医师未继续执业，注册主管部门将予以注销。因此，医疗机构和医师本人都应关注备案期限，及时办理相关手续。

4. 咨询与投诉：

   • 若在备案过程中遇到任何问题或疑问，可咨询当地卫生计生行政部门或查阅相关公告以获取帮助。
   • 若对备案结果有异议或认为备案过程存在不当行为，可向当地卫生计生行政部门投诉或举报。

希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。