结论：村委在治理期已过后认定治理是否合格的行为，其合法性需结合合同具体条款、相关法律法规及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
合同明确约定：如果小流域治理承包合同中明确约定了治理期满后，由村委负责组织验收并认定治理是否合格，那么村委的行为是合法的，因为这是合同双方事先约定的权利和义务。
合同未明确约定：如果合同中没有明确约定治理期满后的验收和认定程序，那么村委的行为可能缺乏直接的合同依据。但在此情况下，村委作为合同的一方，仍有权基于合同目的和公平原则，对治理成果进行合理的评估和认定，只是这一行为应当遵循公平、公正、公开的原则，并可能需要与承包方进行协商。
二、相关法律法规的规定
农村土地承包法：根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，农村土地承包经营应当遵循公平、公正、公开的原则，保护承包方的合法权益。如果村委在认定治理是否合格的过程中，违反了这些原则，或者损害了承包方的合法权益，那么其行为可能是不合法的。
其他相关法律法规：除了农村土地承包法外，还可能涉及环境保护法、水土保持法等相关法律法规。这些法律法规可能对小流域治理的标准、程序等有具体规定，村委在认定治理是否合格时，应当遵循这些规定。
三、实际情况的考量
治理成果的客观性：村委在认定治理是否合格时，应当基于客观的治理成果进行评估。如果治理成果确实达到了合同约定的标准或相关法律法规的要求，那么村委的认定行为是合理的。
承包方的权益保护：在认定过程中，村委应当充分听取承包方的意见，保障承包方的合法权益。如果承包方对认定结果有异议，村委应当提供合理的解释和依据，或者通过协商、调解等方式解决争议。
四、建议与措施
查阅合同条款：首先，建议承包方仔细查阅小流域治理承包合同的相关条款，了解合同中关于治理期满后验收和认定的具体规定。
了解相关法律法规：其次，承包方可以了解相关法律法规对小流域治理的标准、程序等的要求，以便更好地评估村委的认定行为是否合法。
与村委协商：如果承包方对村委的认定行为有异议，可以与村委进行协商，寻求合理的解决方案。在协商过程中，承包方可以提出自己的意见和依据，要求村委重新评估或提供合理的解释。
寻求法律援助：如果协商无果，承包方可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，承包方可以咨询专业律师的意见，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
总结来说，村委在治理期已过后认定治理是否合格的行为，其合法性需结合合同具体条款、相关法律法规及实际情况综合判断。如果承包方对此有异议，可以通过查阅合同、了解法律法规、与村委协商或寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。