针对您提出的“代位继承人对遗产存款有质疑怎么办”的问题，这实际上涉及到遗产继承中的权益保护问题，特别是当遗产存款可能被不当处理或分配时。以下是一个详细且有条理的解答，希望能帮助您理清思路并采取合适的行动：

一、明确质疑内容与收集证据

首先，作为代位继承人，您需要明确自己对遗产存款的具体质疑点是什么，比如存款的数额是否准确、存款是否被部分继承人擅自转移或占有等。为了支持您的质疑，您需要收集相关证据，这包括但不限于：

• 银行对账单、存款证明等文件，以证明存款的存在和数额。
• 遗嘱（如有），以了解遗产分配的原始意愿。
• 亲属关系证明，以证明您的代位继承资格。
• 身份证、户口簿等身份证明文件。
• 任何能证明存款被不当处理或分配的证据，如银行转账记录、相关证人证言等。

二、尝试协商解决

在收集到足够证据后，您可以尝试与涉及遗产分配的其他继承人进行友好沟通，指出您对遗产存款的质疑，并要求他们提供合理的解释或进行公平的分配。如果双方能够达成一致，最好形成书面协议，明确分配细节，以避免未来可能出现的纠纷。

三、寻求第三方调解

如果协商不成，您可以考虑寻求人民调解委员会等第三方机构的帮助进行调解。调解机构会提供中立的意见，并协助双方达成调解协议。一旦达成调解协议，占有人需按协议履行。如果占有人不履行调解协议，您可以申请司法确认并强制执行。

四、采取法律途径

如果协商和调解均无法解决问题，您可以向有管辖权的人民法院提起遗产继承纠纷诉讼。在起诉时，您需要提交收集到的证据，并详细陈述您的质疑和诉求。为了防止遗产在诉讼期间被转移或隐匿，您还可以向法院申请财产保全，如冻结相关银行账户。

五、执行法院判决

如果法院最终判决支持您的诉求，占有人需按判决履行返还义务。如果占有人拒不执行判决，您可以在规定时间内向法院申请强制执行，以确保您的合法权益得到实现。

六、注意诉讼时效

在整个过程中，您还需要特别注意诉讼时效问题。根据《民法典》的规定，继承权纠纷的诉讼时效为三年，自继承人知道或应当知道其权利被侵犯之日起计算。因此，一旦发现遗产存款被不当处理或分配，您应及时采取法律行动，避免超过诉讼时效而丧失胜诉权。

总结与建议：

作为代位继承人，您对遗产存款的质疑是合理且合法的。在处理这类问题时，建议您首先收集充分证据，然后尝试通过协商、调解等和平方式解决问题。如果这些努力均告失败，则应果断采取法律途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，务必注意诉讼时效问题，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。