租车公司设置限制区域并在租车人违反时进行罚款，是否合法需分情况讨论：

1. 合同约定角度
   若租车合同中明确约定了特定限制区域（如边境地区、高风险路段等），并明确告知租车人违反限制将承担违约金或赔偿金，且该条款未违反法律强制性规定（如未设置不合理的高额罚款），则租车公司依据合同条款收取费用具有合法性。
   法律依据：根据《民法典》第四百九十六条，格式条款提供方需履行提示说明义务。若租车公司已通过加粗、弹窗等方式明确提示限制区域条款，租车人签字即视为接受。

2. 行政处罚角度
   若租车公司以“罚款”名义实施处罚，但无行政机关授权（如交通管理部门委托），则属于越权行为。租车公司仅能依据合同主张违约责任，无权行使行政处罚权。
   典型案例：某租车公司因私设“跨省罚款”条款被法院认定无效，租车人仅需支付实际产生的车辆损耗费用。

3. 合理性边界
   即使合同有约定，罚款金额也需合理。若租车公司设置的“罚款”远高于实际损失（如限制区域行驶导致车辆折旧费仅500元，却罚款2000元），可能被认定为“霸王条款”，法院可依据《民法典》第四百九十七条调整或撤销。
   建议操作：租车人可要求租车公司出具损失明细，若无法证明实际损失与罚款金额相当，可拒绝支付超额部分。

给租车人的实务建议：

• 签约前仔细阅读合同条款，重点关注“限制区域”“违约责任”章节，要求租车公司对模糊条款书面解释；
  
• 保留提车时的车辆检查记录（如拍照、录像），避免还车时被以“违反限制区域导致损坏”为由额外收费；
  
• 若遭遇不合理罚款，可向当地市场监管部门投诉或通过诉讼主张合同条款无效。
  

给租车公司的合规提示：

• 限制区域设置需具有合理性（如基于车辆保险条款、道路安全风险），避免滥用合同自由；
  
• 罚款条款应明确为“违约金”或“赔偿金”，并附计算依据（如“跨省行驶每次收取车辆回程运费200元”）；
  
• 建议通过技术手段（如GPS定位）留存租车人违规证据，降低举证成本。
  

如有具体合同条款或罚款通知需要分析，可直接提供内容，我将进一步结合地域性法规给出判断。