结论前置：员工自动离职与辞职在劳动关系终止中具有截然不同的法律含义和后果。辞职是劳动者依法主动提出解除劳动合同，遵循法定程序；而自动离职则是劳动者未经同意擅自离开工作岗位，往往带来不利的法律后果。以下是对两者的详细对比分析：

一、定义与性质

1. 辞职：指劳动者基于个人意愿，向用人单位明确提出解除劳动合同的行为。它体现了劳动者的主动选择，并会按照一定程序和规定办理离职手续。辞职是劳动者依法行使权利的表现，是合法且受保护的。

2. 自动离职：指劳动者未打招呼、未履行告知义务即擅自离开工作岗位，从而终止劳动关系的行为。自动离职通常被视为劳动者单方面违约，缺乏正式程序，可能给用人单位带来损失。

二、程序要求

1. 辞职：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》，试用期内需提前三日通知用人单位；转正后需提前三十日以书面形式通知。
   • 示例：小李转正后于6月1日书面提交辞职信，7月1日可办理离职手续。这样，用人单位有足够的时间进行工作交接和人员调整。

2. 自动离职：

   • 无程序性要求，劳动者直接离开工作岗位，未进行工作交接或告知。
   • 示例：小张因与同事发生矛盾，次日便不再上班，且未说明情况，即为自动离职。这种行为可能给用人单位带来工作上的困扰和损失。

三、法律后果

1. 辞职：

   • 经济补偿：一般情况下无经济补偿；若因用人单位过错（如未提供劳动保护、未及时支付工资等）导致辞职，则用人单位需按工作年限支付经济补偿。
   • 工资结算：用人单位应一次性付清工资，并办理档案和社会保险关系转移手续。
   • 再就业影响：正常辞职并办理离职手续后，劳动者可获得离职证明，有利于再就业。良好的辞职记录有助于维护职业声誉和口碑。

2. 自动离职：

   • 经济补偿：通常视为劳动者违约，用人单位无需支付经济补偿。若给用人单位造成损失，劳动者还需承担经济赔偿责任。
   • 工资结算：按实际工作天数支付，但可能因未办离职手续而延迟。此外，用人单位还可能根据内部规定对自动离职的劳动者进行罚款或扣发工资。
   • 再就业影响：自动离职可能损害劳动者职业声誉，影响再就业机会。原用人单位可能传播不良离职行为，新用人单位背景调查时可能产生质疑。

四、综合建议

对于劳动者而言，辞职是和平解除劳动关系的合法方式，遵循法定程序对双方都有保障。在决定离开工作岗位时，务必选择辞职方式，并按照规定程序办理离职手续。这样不仅可以确保自身权益得到妥善处理，还有助于维护良好的职业声誉和口碑。

对于用人单位而言，应加强劳动关系管理，确保离职流程的规范性和合法性。在发现劳动者自动离职时，应及时进行调查核实，并根据公司规定或劳动合同约定处理。同时，用人单位也应尊重劳动者的辞职权利，按照法定程序办理离职手续，避免不必要的法律纠纷。

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