结论前置：村里有人占用水田建房，您是可以向法院起诉的，但具体起诉方式和结果会因实际情况有所不同。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律背景与依据

根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，水田属于农用地，未经依法批准，不得擅自改变其用途用于非农业建设，如建房等。因此，村里有人占用水田建房，这一行为本身就违反了土地管理法的规定。

二、起诉的途径与方式

1. 向当地土地管理部门举报：

   • 在起诉之前，您可以先向当地的土地管理部门（如国土资源局）进行举报，要求他们进行调查处理。
   • 土地管理部门有权对非法占用土地的行为进行查处，包括责令停止违法行为、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等。

2. 直接向法院起诉：

   • 如果土地管理部门未能及时处理或处理结果不满意，您可以直接向法院提起民事诉讼或行政诉讼（具体取决于案件性质和您的诉求）。
   • 在民事诉讼中，您可以要求侵权人停止侵害、恢复原状、赔偿损失等。
   • 在行政诉讼中，如果土地管理部门的处理决定您认为不合法，您可以起诉要求撤销或变更该决定。

三、起诉时需要注意的事项

1. 收集证据：

   • 在起诉前，您需要收集足够的证据来证明对方确实占用了水田建房，如现场照片、视频、证人证言、土地权属证明等。

2. 明确诉求：

   • 在起诉时，您需要明确自己的诉求，是要求对方停止侵害、恢复原状，还是要求赔偿损失等。

3. 选择合适的法院：

   • 根据案件性质和被告所在地，选择合适的法院进行起诉。一般来说，涉及土地纠纷的案件，由土地所在地的人民法院管辖。

四、可能的法律后果

1. 如果法院认定对方非法占用土地：

   • 法院可能会判决对方停止侵害、恢复原状，并可能要求对方赔偿您的损失。

2. 如果涉及行政诉讼：

   • 如果土地管理部门的处理决定被法院撤销或变更，土地管理部门可能需要重新作出处理决定。

五、建议与提醒

• 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。
• 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到充分保障，可以考虑寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我可以为您提供更具体的法律建议和指导。

最后，如果您在处理此类纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律解答。