当公司法人不配合法院执行时，会面临一系列严重的法律后果，同时，申请执行人也可以采取多种应对措施来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、公司法人不配合法院执行的后果
间接执行措施：
- 罚款与拘留：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被执行人（包括公司法人）拒不履行判决、裁定的，法院可根据情节轻重予以罚款、拘留。对个人的罚款金额不超过人民币十万元，对单位的罚款金额为五万元以上一百万元以下，拘留期限不超过十五日。
- 纳入失信被执行人名单：法院可将拒不执行的法人纳入失信被执行人名单，依法进行信用惩戒。这将影响公司在政府采购、招标投标、行政审批等方面的活动，同时限制其法定代表人的某些行为，如乘坐飞机、高铁等高消费活动。
- 限制出境：被执行人不履行法律文书确定的义务的，法院可对其采取或通知有关单位协助采取限制出境的措施，防止其逃避法律责任。
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百一十三条的规定，对人民法院的判决、裁定有能力执行而拒不执行，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。单位犯罪的，还对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。
二、申请执行人的应对措施
申请强制执行：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
- 申请时间与材料：申请执行的期间为二年，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。申请材料通常包括强制执行申请书、生效法律文书原件、申请人的身份证明等。
- 执行法院：由第一审人民法院或者与第一审人民法院同级的被执行的财产所在地人民法院执行。
- 执行措施：法院有权查询、冻结、划拨被执行人的存款，扣留、提取其收入，查封、扣押、拍卖、变卖其财产，但应保留被执行人及其所扶养家属的生活必需品和费用。
提出书面异议：
- 如果申请执行人认为执行行为违反法律规定的，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。人民法院应在收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或改正；理由不成立的，裁定驳回。
寻求其他法律途径：
- 在某些情况下，申请执行人还可以考虑通过其他法律途径来维护自身权益，如提起刑事自诉（在符合刑事自诉条件的情况下）或寻求其他行政救济措施。
三、实际操作建议
- 及时申请执行：一旦发现公司法人不配合法院执行，申请执行人应尽快向法院申请强制执行，以避免超过申请执行期限。
- 充分准备申请材料：确保申请材料齐全、准确，以便法院能够顺利受理并执行。
- 积极配合法院执行：在执行过程中，申请执行人应积极配合法院的工作，提供必要的协助和信息。
- 关注执行进展：及时了解执行进展情况，如发现执行过程中存在问题或障碍，应及时向法院反映并寻求解决方案。
总之，公司法人不配合法院执行将面临严重的法律后果，包括间接执行措施和刑事责任。同时，申请执行人也有多种应对措施可供选择以维护自身权益。在实际操作中，建议申请执行人及时申请执行、充分准备申请材料、积极配合法院执行并关注执行进展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。