检察院免于起诉是否会留下案底，这取决于具体的不起诉类型。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法定不起诉与案底关系：

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》的相关规定，当存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法告诉才处理的犯罪且没有告诉或撤回告诉；以及犯罪嫌疑人、被告人死亡等情形时，检察院会作出法定不起诉决定。
   • 案底情况：在法定不起诉的情况下，由于犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或不应当追究刑事责任，因此不会留下案底。案底通常指的是犯罪记录，既然不构成犯罪，自然就不存在犯罪记录。

2. 酌定不起诉与案底关系：

   • 法律依据：酌定不起诉适用于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的情况。此时，虽然检察院决定不起诉，但犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是基于从宽情节等因素考虑而不起诉。
   • 案底情况：在酌定不起诉的情况下，可能会留下案底记录。因为这本质上是对犯罪行为的一种处理，尽管没有经过法院审判宣告有罪，但实质是认定犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，只是由于情节轻微等原因而未被起诉。这种记录可能在职业准入、社会信用评价等方面对当事人产生不利影响。

3. 证据不足不起诉与案底关系：

   • 法律依据：当检察院对于二次补充侦查的案件仍然认为证据不足，不符合起诉条件时，会作出证据不足不起诉的决定。
   • 案底情况：在证据不足不起诉的情况下，如果后续没有新的证据表明犯罪嫌疑人有罪，那么不会留下案底。因为现有证据无法证明犯罪嫌疑人有罪，因此不能认定犯罪嫌疑人构成犯罪。然而，如果未来发现了新的证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，诉讼程序可能会被重新启动。

其他相关影响：

• 尽管检察院免于起诉通常不会直接产生犯罪记录（即案底），但这并不意味着没有任何影响。检察院会将不起诉决定书送达给被不起诉人和其所在单位。
• 被不起诉人在日后需要开具无犯罪记录证明时，可能需要对此进行解释和说明。此外，在入党、公务员政审等环节，也可能需要进行特别的说明和审查。

总结与建议：

• 检察院免于起诉是否留下案底取决于具体的不起诉类型。对于法定不起诉和证据不足不起诉（若后续无新证据），通常不会留下案底；而对于酌定不起诉，则可能会留下案底记录。
• 如果您对此类问题存在疑问或担忧，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律解释和建议。