检察院不予起诉一般不会留下案底，但具体是否留有案底需根据不起诉的类型和案件性质来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、不会留有案底的情况
法定不起诉：
- 适用情形：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，对于情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪，或犯罪已过追诉时效期限，或经特赦令免除刑罚等情形，检察院应作出不起诉决定。
- 分析：在这些情形下，犯罪嫌疑人的行为不被认定为犯罪或依法不需追究刑事责任，因此不会留下案底。
证据不足不起诉：
- 适用情形：当检察院因证据不足，不符合起诉条件而决定不起诉时，若后续没有新的证据补充，犯罪嫌疑人未被认定有罪。
- 分析：案底是基于有罪判决产生的，而在此情况下，犯罪嫌疑人并未被判定有罪，因此不会留有案底。
二、可能会留有记录但非正式案底的情况
- 酌定不起诉：
- 适用情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出酌定不起诉决定。
- 分析：虽然这种不起诉是基于犯罪情节轻微作出的从宽处理，但行为仍然构成犯罪，因此理论上可能会有相关的犯罪记录被保存在公安机关、检察院等部门的档案中。然而，这种记录并非正式的犯罪记录（案底），其影响通常要比被定罪量刑的案底小。在大多数情况下，这种记录不会对个人在日常生活中的就业、就学等产生公开的不利影响。
三、特殊情况下的处理
- 后续情况变化：若之后发现了新的证据且符合起诉条件，检察院有权重新提起公诉。若最终被判定有罪，则会留下案底。但在未发现新证据之前，犯罪嫌疑人处于无罪状态，不会留有案底。
- 特定行业或职业影响：在某些行业或职业中，即使检察院作出不起诉决定，相关单位可能根据内部规定进行一定处理或记录，但这与法律意义上的案底不同。
- 行政违法与其他法律后果：虽然检察院的不起诉决定本身不产生犯罪记录，但若行为涉及行政违法，可能会留下行政处罚记录；同时，若需承担民事赔偿责任，也会有相应记录。
四、建议与注意事项
- 了解不起诉类型：在收到检察院的不起诉决定后，应了解具体的不起诉类型，以便判断是否可能留下案底。
- 保留相关证据：若对检察院的不起诉决定有异议，或担心可能留下案底，应保留好相关证据，以便在需要时进行申诉或辩护。
- 咨询专业律师：虽然在此问题中我作为陈力木格律师已经给出了详细的解答，但每个案件的具体情况都有所不同。若对具体案件是否会留下案底有疑问，或需要更详细的法律解答，可以直接向我咨询。
综上所述，检察院不予起诉并不一定会留有案底。是否留有案底主要取决于案件的具体情况和不起诉的原因。在处理相关问题时，应综合考虑案件的具体情况和相关法律法规的规定。