针对违法施工组织设计，一般应先开具整改通知单，若情况严重或拒不整改，则应采取暂停施工措施。以下从不同角度进行详细分析：
开具整改通知单的角度：
- 法律依据：根据《建设工程安全生产管理条例》等相关法规，对于施工中存在的违法行为或安全隐患，建设行政主管部门或相关监管机构有权要求施工单位进行整改。开具整改通知单是这一要求的具体体现。
- 目的与效果：整改通知单旨在要求施工单位立即停止违法行为，采取措施消除安全隐患，并在规定期限内完成整改。这种方式相对温和，给予施工单位一定的自我纠正机会，有助于维护施工秩序和保障工程安全。
- 适用情形：当违法施工组织设计行为尚未造成严重后果，或者施工单位能够积极配合整改时，开具整改通知单是较为合适的选择。
采取暂停施工措施的角度：
- 法律依据：同样依据《建设工程安全生产管理条例》等相关法规，对于存在重大安全隐患或拒不执行整改要求的施工单位，建设行政主管部门或相关监管机构有权采取暂停施工措施。
- 目的与效果：暂停施工是一种更为严厉的处罚措施，旨在通过停止施工活动来强制施工单位重视并解决存在的问题。这种方式能够迅速切断安全隐患的源头，防止事故发生，但也可能对施工进度和成本造成较大影响。
- 适用情形：当违法施工组织设计行为已经造成或可能造成严重后果，或者施工单位拒不执行整改要求时，应采取暂停施工措施。此外，如果施工单位在整改期限内未能完成整改或整改不到位，也应考虑采取暂停施工措施。
法律建议：
- 在处理违法施工组织设计问题时，应首先评估违法行为的严重程度和可能造成的后果。对于轻微违法行为或能够积极配合整改的施工单位，可以优先选择开具整改通知单的方式进行处理。
- 如果违法行为严重或拒不整改，则应果断采取暂停施工措施，以维护施工安全和秩序。同时，应确保暂停施工措施的合法性和合理性，避免滥用职权或侵犯施工单位的合法权益。
- 在整个处理过程中，应保持与施工单位的沟通联系，及时了解其整改情况和困难，提供必要的指导和帮助，促进问题的妥善解决。
可能法律后果：
- 如果对违法施工组织设计行为处理不当或未及时采取措施，可能导致安全事故的发生，造成人员伤亡和财产损失。届时，相关责任人员可能面临行政处罚甚至刑事责任。
- 如果滥用暂停施工措施或侵犯施工单位的合法权益，施工单位有权依法维权，要求赔偿损失或恢复施工等。因此，在处理违法施工组织设计问题时，应严格遵守法律法规和程序要求，确保处理的合法性和合理性。