当申请执行时效已经过了两年，您确实会面临一些挑战，但并不意味着您完全丧失了救济途径。以下是一些详细的建议，希望能帮助您更好地理解和处理这个问题：
一、理解申请执行时效的基本规定
首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间通常为二年。这个期间是从法律文书规定履行期间的最后一日起计算，如果法律文书规定分期履行，则从规定的每次履行期间的最后一日起计算；如果法律文书未规定履行期间，则从法律文书生效之日起计算。
二、与被执行人协商
协商的重要性： 在申请执行时效已过的情况下，与被执行人进行友好协商是一个值得尝试的途径。特别是当双方存在长期合作关系或被执行人有良好信誉时，协商往往能取得良好效果。
协商的内容： 您可以与被执行人讨论债务的履行方式、时间等，看其是否愿意主动履行债务。如果协商成功，最好能签订一份书面协议，以明确双方的权利和义务。
三、关注时效中止与中断的情形
时效中止： 如果在时效期限的最后六个月内，因不可抗力或其他阻碍导致您无法行使请求权，时效将中止。从中止时效的原因消除之日起，时效期间继续计算。
时效中断： 如果您向债务人提出了履行要求，或者债务人同意履行义务等情况，将导致时效中断。时效中断后，从中断、有关程序终结时起，申请执行时效期间重新计算。
证据准备： 为了证明时效中止或中断，您需要保存并准备好相关证据材料，如向债务人发出的履行要求通知、债务人的同意履行义务的书面回复等。
四、向法院申请恢复执行
申请流程： 即使超过了二年的申请执行时效期限，您仍然可以向法院申请恢复执行。法院将对您的申请进行审查，并根据具体情况决定是否恢复执行。
被执行人异议： 若被执行人提出异议，法院需对该异议进行审查。如果异议成立（即申请执行时效确已超过，且不存在中止、中断的情形），法院将裁定不予执行。如果异议不成立（即存在中止、中断情形，或未超过二年执行申请时效），则法院将继续执行。
五、寻求其他法律救济途径
提起诉讼： 如果原判决所依据的事实发生了变化，或者出现了新的法律关系，您可以考虑另行提起诉讼来维护自己的权益。例如，如果发现债务人存在恶意转移财产等行为，导致您原本可以通过执行实现的债权受到损害，此时可以基于新的事实提起撤销权诉讼等相关诉讼。
追究拒执罪： 在极端情况下，如果债务人有能力履行而拒不履行法院判决，情节严重的，可能构成拒不执行判决、裁定罪。您可以向公安机关报案，通过刑事手段来追究债务人的刑事责任，促使其履行义务。不过，这需要满足一定的构成要件，并且要有充分的证据证明债务人存在拒不执行的行为。
六、重新达成协议
如果双方当事人在执行期限过期后达成了新的还款协议，这将被视为双方之间形成了新的债权债务关系。在此情形下，如果一方未按新协议履行义务，另一方可以依据该协议重新向法院提起诉讼或申请强制执行。
七、总结与建议
希望以上建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。