案件中被损毁的财物一般不可以随意扣押，但特定情况下可依法采取查封、扣押等措施，处理方式需根据财物性质、案件阶段等综合判断。以下是具体分析：

1. 扣押的合法性基础
   根据《刑事诉讼法》第141条，公安机关、检察院在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押；与案件无关的财物不得扣押。若被损毁财物是犯罪工具、赃款赃物或与案件直接相关的证据（如被破坏的物品残骸），可依法扣押；若仅为普通财产损失（如被砸坏的私人物品且无证据价值），则不得扣押。

2. 不同案件阶段的处理方式

   • 侦查阶段：公安机关可对涉案财物采取扣押措施，但需出具《扣押决定书》并清单登记，扣押期限一般不超过2个月（复杂案件可延长）。
     
   • 审查起诉阶段：检察院需对扣押财物进行审查，若与案件无关，应在3日内解除扣押并退还；若需作为证据使用，可继续扣押或移送法院。
     
   • 审判阶段：法院根据判决结果处理财物——若判定为违法所得，予以没收；若需赔偿被害人，则通过执行程序返还；若与案件无关，立即退还。

3. 被损毁财物的特殊处理

   • 价值鉴定：扣押前需对财物进行价格认定（如市场价、修复费用），作为后续赔偿或定罪量刑的依据。
     
   • 保管义务：扣押机关需妥善保管财物，若因保管不善导致毁损、灭失，需承担赔偿责任（《国家赔偿法》第18条）。
     
   • 返还与赔偿：案件终结后，财物应返还权利人；若被损毁，权利人可通过刑事附带民事诉讼或单独民事诉讼要求赔偿。

4. 当事人权利救济途径

   • 异议权：对扣押决定不服的，可向扣押机关提出书面异议，要求复议；对复议结果仍不服的，可向上一级机关申诉。
     
   • 国家赔偿：若扣押行为违法（如超期扣押、扣押无关财物），可依据《国家赔偿法》申请赔偿。
     
   • 民事索赔：若财物损毁系他人侵权所致，可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，或单独提起民事诉讼要求赔偿。

建议：若您涉及具体案件，需结合财物性质、扣押程序合法性及案件阶段综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我会根据案件细节提供针对性分析。