将公司列为被告时，管辖法院的确定需综合考虑被告住所地、合同履行地、侵权行为地、不动产所在地及合同中的管辖协议等因素，并遵循级别管辖和专属管辖的特殊规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对法人提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。这里的公司住所地通常指其主要办事机构所在地；若公司主要办事机构不明确，则以其注册地或登记地为住所地。这是确定管辖法院的基础原则。此外，如果同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
二、合同纠纷的管辖
有约定管辖条款：如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么案件应由约定的法院管辖。这是合同自由原则在管辖方面的体现。
无约定管辖条款：在没有约定管辖条款的情况下，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。合同履行地的确定需根据合同类型具体分析，例如在买卖合同中，接收货币一方所在地或交付不动产的不动产所在地等可能被视为合同履行地。
三、侵权纠纷的管辖
因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地（包括侵权行为实施地和侵权结果发生地）或被告住所地人民法院管辖。在网络侵权案件中，被侵权人住所地可视为侵权结果发生地，这一规定适应了网络时代侵权行为的特点。
四、专属管辖
特定类型的案件，如不动产纠纷、港口作业纠纷、继承遗产纠纷等，由法律规定的特定法院管辖。例如，不动产纠纷由不动产所在地法院管辖，这是为了便于法院调查取证和执行判决。
五、级别管辖
在确定地域管辖后，还需考虑级别管辖。基层人民法院管辖大多数第一审民事案件，但重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件等可能由中级人民法院、高级人民法院或最高人民法院管辖。级别管辖的确定有助于合理分配审判资源，确保案件得到公正、高效的审理。
六、特殊情况的说明
分公司：分公司如依法设立并领取营业执照，可作为民事诉讼的当事人。起诉分公司时无需列总公司为共同被告，除非有特别规定或合同约定。这一规定简化了诉讼程序，提高了诉讼效率。
管辖协议：合同中的管辖协议如合法有效，应优先适用。但需注意，管辖协议不得违反级别管辖和专属管辖的规定。这是为了维护法律的严肃性和权威性，防止当事人通过管辖协议规避法律。
实际应用建议
在实际操作中，确定管辖法院需综合考虑上述所有因素。首先判断是否存在专属管辖的情况；其次，检查合同中是否有合法有效的管辖协议；最后，根据案件性质（合同纠纷、侵权纠纷等）和相关法律规定，选择适当的管辖法院。同时，还需注意级别管辖的规定，确保案件由正确级别的法院审理。
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