对于公务员违规出国境且时隔18年才被查出的情况，处理方式需结合具体违规情节、现行法律规定及追责时效等因素综合判断，具体如下：

1. 追责时效问题
   根据《行政机关公务员处分条例》第十八条，行政机关公务员违法违纪行为已过追诉时效期限的（通常为2年，特殊情况可延长至5年），不再给予处分。但若违规行为涉及贪污贿赂、失职渎职等职务犯罪，则可能适用《刑法》第八十七条规定的刑事追诉时效（最高可达20年）。若18年前违规行为未构成犯罪且已过行政追责时效，原则上不再追究行政责任；若构成犯罪且未过刑事追诉时效，仍可能被立案侦查。

2. 违规情节认定
   需核查18年前违规出国境的具体情节，例如：

   • 是否未经批准擅自出国境；
     
   • 是否使用虚假材料骗取出国境证件；
     
   • 出国境后是否从事与职务相关的活动或损害国家利益的行为。
     情节较轻的（如未造成严重后果），可能仅给予批评教育或诫勉谈话；情节严重的（如涉及贪腐、泄密等），即使已过时效，仍可能通过党纪处分（如开除党籍）或移送司法机关处理。

3. 现行法律适用
   由于行为发生在18年前，需优先适用当时有效的法律法规（如1997年《国家公务员暂行条例》）。但若现行法律（如2007年《行政机关公务员处分条例》）对同类行为处罚更轻，可“从旧兼从轻”原则处理；若现行法律处罚更重，则仍需按行为发生时的法律执行。

4. 特殊情形处理

   • 已退休人员：若违规者已退休，根据《行政机关公务员处分条例》第四十八条，不再给予处分，但可能影响其退休待遇（如取消退休金）。
     
   • 主动交代问题：若违规者主动向组织说明情况，可能依据《中国共产党纪律处分条例》第十七条从轻或减轻处分。
     

建议：

• 涉事单位应尽快启动调查程序，核实违规事实及证据；
  
• 结合行为发生时的法律、追责时效及情节严重程度，依法依规处理；
  
• 若涉及职务犯罪，及时移送纪检监察或司法机关。
  

如有进一步细节（如违规方式、是否造成损失等），可向我补充说明，以便更精准分析。