结论：行政机关工作人员因玩忽职守罪被追究刑事责任后，单位是否承担赔偿责任，需根据具体情况判断，主要取决于单位是否存在过错以及该过错与损害结果之间的因果关系。
分析说明：
单位过错与因果关系：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，国家赔偿的前提是国家机关及其工作人员在行使职权时存在违法行为，且该违法行为与损害结果之间存在因果关系。
- 在玩忽职守罪的情境中，若行政机关工作人员因个人过失导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，并被追究刑事责任，这通常意味着其个人行为已构成违法。然而，单位是否承担赔偿责任，还需进一步考察单位是否存在管理上的过错，如制度不健全、监督不力等，以及这些过错是否与损害结果有直接的因果关系。
单位赔偿的例外情况：
- 如果单位能够证明其已尽到合理的注意和管理义务，且损害结果完全是由于工作人员的个人过失造成的，那么单位可能不承担赔偿责任。
- 另一方面，如果单位存在明显的过错，如未提供必要的培训、未建立有效的监督机制等，且这些过错与损害结果有直接的因果关系，那么单位可能需要承担相应的赔偿责任。
实践中的考量因素：
- 在实践中，判断单位是否承担赔偿责任还会考虑其他因素，如损害结果的严重程度、单位的财务状况、受害人的损失情况等。
- 此外，如果单位已为工作人员购买了相关的职业责任保险，那么在确定赔偿责任时，保险公司也可能成为承担赔偿责任的主体之一。
法律建议：
- 对于行政机关而言，应建立健全内部管理制度和监督机制，加强对工作人员的培训和教育，以预防玩忽职守等违法行为的发生。
- 一旦发生玩忽职守罪案件，行政机关应积极配合司法机关的调查和处理工作，并主动评估自身是否存在过错以及是否需要承担赔偿责任。
- 如果单位认为自身可能存在过错并需要承担赔偿责任，应及时与受害人或其家属进行协商，以达成合理的赔偿协议。如果协商不成，受害人或其家属可以通过法律途径追究单位的赔偿责任。
可能后果：
- 如果单位被认定存在过错并需要承担赔偿责任，那么单位可能需要支付相应的赔偿金，并可能面临声誉受损等后果。
- 如果单位能够证明自身无过错或过错与损害结果无直接因果关系，那么单位可能不需要承担赔偿责任，但应从中吸取教训，加强内部管理，以防止类似事件再次发生。
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