村书记无权直接批准或决定在基本农田上建厂，且该行为通常违反法律规定。以下从几个关键角度进行分析：

1. 基本农田的特殊保护性质
   根据《土地管理法》第三十五条，基本农田是依法划定的不得擅自占用或改变用途的耕地，其保护属于国家强制性规定。任何单位或个人需占用基本农田的，必须经国务院批准（如国家能源、交通、水利等重大基础设施项目），且需补划同等数量质量的基本农田。村书记作为基层干部，无权突破此限制。

2. 村书记的职权范围
   村书记的职责是执行村民自治章程和上级政策，协调村内公共事务，但无土地审批权。若涉及土地使用变更（如农用地转建设用地），需由村民会议或村民代表会议集体讨论，并依法报乡镇政府、县级自然资源部门审批，最终可能需省级政府或国务院批准（尤其涉及基本农田时）。村书记个人决定或默许建厂，属于越权行为。

3. 违法后果与责任承担

   • 行政责任：擅自占用基本农田建厂可能面临责令拆除、恢复原状、罚款（如按占用面积处耕地开垦费2-5倍罚款）等处罚（《土地管理法》第七十七条）。
     
   • 刑事责任：若占用基本农田达5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上，可能构成非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条），对直接责任人员（如村书记、企业负责人）可处五年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 民事赔偿：若因建厂导致土地损坏，相关责任人还需承担赔偿修复费用的责任。

4. 特殊情形说明
   若建厂项目符合国家规定的“临时用地”情形（如短期施工需要），也需依法办理临时用地手续，且不得修建永久性建筑，更不得占用基本农田。实践中，此类情形极少能通过审批。

建议：若您发现此类行为，可向乡镇政府或县级自然资源部门举报；若涉及权益受损（如土地被强占），可依法提起行政诉讼或民事诉讼。如有具体案件细节，欢迎进一步向我咨询。