关于综合工时额外时间算值班是否合法的问题，这主要取决于该额外时间的安排是否符合法律法规的规定，以及是否得到了劳动行政部门的批准。
综合工时制的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制的（即每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时），经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。综合工时制就是其中一种，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
额外时间算值班的合法性分析：
- 若额外时间属于综合工时制内的正常工作时间：如果用人单位在综合工时制下，已经合理安排了劳动者的工作时间，并且额外时间并未超出综合工时制所允许的范围，那么这段时间不应被视为值班，而是正常的工作时间。此时，用人单位应按照正常工资标准支付劳动者工资。
- 若额外时间超出综合工时制范围或被明确为值班：如果额外时间超出了综合工时制所允许的范围，或者用人单位明确将这段时间安排为值班，并且值班的工作性质、强度与正常工作时间有所不同，那么这段时间是否合法以及如何支付报酬，就需要根据具体情况来判断。
- 合法性：首先，这种值班安排需要得到劳动行政部门的批准，或者至少符合行业惯例和法律法规的隐性要求。其次，值班时间不应过长，以免损害劳动者的身心健康。
- 报酬支付：如果值班被认定为合法，那么用人单位应按照相关规定或劳动合同的约定支付值班报酬。值班报酬通常与正常工资不同，可能根据值班的时间、性质等因素来确定。
实际操作与建议：
- 对于用人单位：在实行综合工时制并安排额外时间值班时，应确保该制度已经过劳动行政部门的批准，并严格按照法律法规和劳动合同的约定来执行。同时，应合理安排劳动者的工作时间和休息时间，避免过度劳累和损害劳动者的身心健康。
- 对于劳动者：如果对自己的工作时间安排或报酬支付有疑问，应及时与用人单位沟通并查阅相关的劳动合同和法律法规。如果认为自己的权益受到了侵害，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，综合工时额外时间算值班是否合法，取决于该额外时间的安排是否符合法律法规的规定、是否得到了劳动行政部门的批准，以及值班的工作性质、强度等因素。 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。