关于“付给女方百万协议生子是否违法”的问题，结论是：该行为是否违法需视具体情况而定，主要取决于协议内容是否违反法律强制性规定或公序良俗。以下从不同角度详细分析：

1. 协议内容合法性分析

• 若协议仅涉及经济补偿与生育安排，且不违反法律强制性规定：
  例如，双方自愿协商，男方支付合理费用以补偿女方因生育产生的医疗、营养等实际支出，且协议未附加其他非法条件（如限制女方婚姻自由、要求女方放弃子女抚养权等），此类协议可能被认定为合法有效。但需注意，生育权是女方的基本人身权利，协议不得强制女方生育或剥夺其选择权，否则可能因违反公序良俗被认定无效。
• 若协议涉及“代孕”或“买卖子女”：
  根据《民法典》第1007条，禁止以任何形式买卖人体细胞、人体组织、人体器官、遗体，违反的协议无效。若“协议生子”实质为代孕（即女方提供子宫代为生育），则因违反法律强制性规定和公序良俗而无效，且可能涉及刑事责任（如组织代孕者可能构成犯罪）。

2. 法律后果与风险

• 协议无效的后果：
  若协议被认定无效，男方已支付的款项可能无法通过法律途径追回，且双方可能因协议内容违法面临行政处罚（如罚款）或刑事责任（如组织代孕）。
• 子女抚养权问题：
  无论协议是否有效，子女出生后均享有法律上的平等权利。父母对子女的抚养义务不因协议内容而免除，若双方未就抚养权达成合法协议，可能需通过诉讼解决，法院将以“子女利益最大化”原则判决。

3. 实务建议

• 谨慎签订协议：
  若双方确有经济补偿需求，建议协议内容仅限于合理支出补偿（如医疗费、营养费），并明确约定“生育决定权归女方所有”，避免涉及代孕或买卖子女条款。
• 咨询专业律师：
  此类协议涉及人身权利与财产权利的复杂交织，建议签订前咨询律师，确保协议内容合法、权利义务明确，避免后续纠纷。
• 关注子女权益：
  无论协议如何约定，子女出生后，父母均需履行抚养义务。若双方关系破裂，应优先通过协商或诉讼解决子女抚养问题，确保子女权益不受损害。

总结：付给女方百万协议生子是否违法，需结合协议具体内容判断。若协议合法且不违反公序良俗，可能有效；若涉及代孕或买卖子女，则绝对违法。建议谨慎处理此类协议，并优先保障子女权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。