结论：案件是否还会继续调查，并不完全取决于公司是否已经提前上交了钱款，而是取决于案件本身的性质、调查的进展以及相关法律法规的规定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 案件性质与调查必要性：

   • 如果案件涉及的是严重的违法行为，如贪污、受贿、挪用资金等，且这些行为与公司资金有直接关联，那么即使公司已经上交了相关钱款，调查机关仍可能继续深入调查，以查明事实真相，追究相关责任人的法律责任。
   • 如果案件性质相对较轻，且公司上交的钱款已经涵盖了所有涉嫌违法的金额，同时公司能够积极配合调查，提供充分的证据和解释，那么调查机关可能会根据具体情况决定是否继续调查。

2. 调查进展与证据收集：

   • 调查机关在调查过程中，会根据已经掌握的证据和线索，逐步推进调查工作。如果公司上交的钱款是调查过程中的一个重要环节，但调查机关还需要进一步收集其他证据来支持或反驳某些指控，那么调查仍会继续进行。
   • 如果调查机关已经收集到了足够的证据来证明案件事实，且公司上交的钱款与案件事实相符，那么调查机关可能会根据法律规定和程序，决定是否结束调查或移送检察机关审查起诉。

3. 法律法规的规定：

   • 根据相关法律法规的规定，调查机关在调查案件时，必须遵循法定程序和原则，确保调查的合法性和公正性。因此，即使公司已经上交了钱款，调查机关仍可能根据法律法规的规定，继续进行调查工作。
   • 特别是当案件涉及公共利益、社会影响较大或需要追究刑事责任时，调查机关更会依法履行职责，确保案件得到妥善处理。

法律建议：

• 积极配合调查：如果公司或员工被牵连进案件中，应积极配合调查机关的工作，提供必要的证据和解释，以表明公司的立场和态度。
• 咨询专业律师：在案件调查过程中，公司可以咨询专业律师的意见，了解案件的法律性质和可能面临的法律后果，以便制定合理的应对策略。
• 关注案件进展：公司应密切关注案件的调查进展和结果，及时了解相关信息，以便做好后续的应对工作。

可能后果：

• 如果案件继续调查并最终认定公司或员工存在违法行为，那么公司或员工可能会面临法律制裁，包括罚款、没收违法所得、刑事责任等。
• 如果案件调查结束后认定公司或员工不存在违法行为或违法行为轻微，那么公司或员工可能会免于法律制裁或受到较轻的处罚。

综上所述，案件是否还会继续调查取决于多种因素，包括案件性质、调查进展以及相关法律法规的规定。公司应积极配合调查工作，并咨询专业律师的意见，以便更好地应对可能面临的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。