在非法集资犯罪中，员工投资自己的金额一般不能直接扣除，但具体是否扣除及如何处理需结合案件具体情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、非法集资犯罪的法律性质
非法集资犯罪，通常指的是违反国家金融管理法律规定，向社会公众（包括单位和个人）吸收资金的行为。这类犯罪往往涉及众多投资者，且资金规模较大，严重扰乱金融秩序。在非法集资犯罪中，无论是公司高管、普通员工还是外部投资者，其投资行为本身都可能受到法律的审视。
二、员工投资金额的性质
员工投资自己的金额，从表面上看，是员工对公司的投资行为。然而，在非法集资犯罪的语境下，这种投资行为可能因公司行为的非法性而受到影响。具体来说，如果员工的投资行为是在明知公司从事非法集资活动的情况下进行的，那么这种投资行为可能被视为对非法集资活动的参与或支持。
三、投资金额能否扣除的考量因素
主观明知程度：
- 如果员工在投资时并不知晓公司从事非法集资活动，且没有从中获取非法利益，那么其投资金额可能在一定程度上得到法律的保护，但这并不意味着可以直接从犯罪数额中扣除。
- 如果员工明知公司从事非法集资活动仍进行投资，甚至积极参与非法集资活动的组织、策划或实施，那么其投资金额不仅不能扣除，还可能作为犯罪数额的一部分被追究刑事责任。
投资行为的独立性：
- 如果员工的投资行为是独立的，与公司非法集资活动无直接关联，且没有利用公司非法集资的平台或资源进行投资，那么这种投资行为可能不被视为非法集资的一部分。
- 然而，在非法集资犯罪中，员工的投资行为往往与公司非法集资活动紧密相连，难以完全独立开来。
法律后果的考量：
- 在非法集资犯罪中，犯罪数额的认定是量刑的重要依据之一。如果允许员工投资金额直接扣除，可能会影响对犯罪数额的准确认定，进而影响量刑的公正性。
- 此外，非法集资犯罪往往涉及众多投资者的利益保护问题。如果允许员工投资金额扣除，可能会引发其他投资者的不满和抗议，不利于社会稳定和和谐。
四、实际操作中的处理原则
在司法实践中，对于员工投资自己的金额能否扣除的问题，通常遵循以下原则：
- 严格认定犯罪数额：司法机关会严格审查证据材料，准确认定非法集资的犯罪数额，确保量刑的公正性和准确性。
- 区分不同情况处理：对于员工投资行为，司法机关会结合其主观明知程度、投资行为的独立性以及法律后果等因素进行综合判断，区分不同情况处理。
- 注重投资者利益保护：在处理非法集资犯罪案件时，司法机关会注重保护投资者的合法权益，确保他们能够及时挽回损失。
五、建议与提醒
- 对于员工而言：在参与公司投资活动时，务必了解公司的经营状况和合法性，避免陷入非法集资的陷阱。如果发现公司存在非法集资行为，应立即向相关部门举报并停止投资。
- 对于投资者而言：在选择投资项目时，要谨慎评估风险，选择合法合规的投资渠道。如果遭遇非法集资活动，要及时向公安机关报案并寻求法律帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和辩护策略。