结论：二轮土地确权时将原来土地确权证上的名字取消，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
确权程序合法性角度
- 合法情形：如果二轮土地确权是按照法定程序进行的，包括土地调查、权属审核、登记造册、核发证书等步骤，且取消名字是基于充分的证据和合理的理由，如原确权存在错误、土地权属发生变更等，那么这一行为是合法的。例如，如果原确权证上的名字是由于登记错误而误入的，经过核实后，在二轮确权时予以更正，这是符合法律规定的。
- 非法情形：如果二轮土地确权程序存在瑕疵，如未依法进行土地调查、权属审核不严格、未按照规定公示等，或者取消名字没有充分的证据和合理的理由，仅凭主观臆断或行政命令就随意取消，那么这一行为可能是非法的。这种情况下，被取消名字的土地权利人可以依法提出异议，要求重新确权。
土地权属变更角度
- 合法变更：如果土地权属在二轮确权前已经发生了变更，如通过买卖、继承、赠与等方式，且变更手续合法有效，那么在二轮确权时，将原确权证上的名字取消，并登记为新的权利人，这是合法的。
- 非法变更：如果土地权属并未发生变更，或者变更手续不合法，如未经其他共有人同意擅自转让土地、伪造变更手续等，那么在二轮确权时取消原确权证上的名字就是非法的。这种情况下，被取消名字的土地权利人可以依法维护自己的权益。
法律保护角度
- 保护原权利人：根据相关法律法规，土地权利人的合法权益受法律保护。如果二轮土地确权时取消名字的行为侵犯了原权利人的合法权益，如未经同意擅自取消、未给予合理补偿等，那么原权利人可以依法提起行政诉讼或民事诉讼，要求恢复其土地权利或获得相应补偿。
- 维护确权公正性：土地确权是保障土地权利人合法权益的重要措施，必须确保确权过程的公正性和合法性。如果二轮土地确权时存在违法取消名字的行为，不仅损害了原权利人的利益，也破坏了土地确权的公正性和权威性。
建议：
- 如果您发现二轮土地确权时您的名字被取消，且您认为这一行为不合法，建议您首先收集相关证据，如原确权证、土地权属证明、确权程序文件等。
- 然后，您可以向当地土地管理部门或相关政府部门提出异议，要求重新确权或给予合理解释。
- 如果问题得不到解决，您可以考虑咨询专业律师（即我，林卫律师，专注于经济纠纷、房产纠纷领域），通过法律途径维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果二轮土地确权时取消名字的行为被认定为非法，那么相关责任人可能会面临行政处罚或民事赔偿等法律后果。
- 同时，被取消名字的土地权利人也有权要求恢复其土地权利或获得相应补偿。