结论：在刑事案件中，只有个别嫌疑人证据清楚的情况下，仍然可以对其提起公诉，但需满足一定的条件。
法律依据与分析：
证据充分性原则：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条：“对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。” 这表明，在刑事诉讼中，证据的充分性是认定犯罪和提起公诉的关键。即使只有个别嫌疑人的证据清楚，只要这些证据确实、充分，能够形成完整的证据链，就可以对其提起公诉。
共同犯罪中的个别起诉：
- 在共同犯罪案件中，如果只有个别嫌疑人的证据清楚，而其他嫌疑人的证据尚不充分或存在疑问，检察机关可以根据已查清的事实和证据，对证据充分的个别嫌疑人提起公诉。这并不妨碍对其他嫌疑人的继续侦查和起诉，如果后续证据充分，可以另行提起公诉。
起诉的独立性：
- 每个嫌疑人的犯罪行为是独立的，检察机关在审查起诉时，应当根据每个嫌疑人的犯罪事实和证据情况，分别作出是否起诉的决定。因此，即使其他嫌疑人的证据尚不充分，也不影响对证据充分的个别嫌疑人的起诉。
法律建议：
- 对于检察机关：在审查起诉时，应严格遵循证据充分性原则，对每个嫌疑人的犯罪事实和证据情况进行独立审查。如果只有个别嫌疑人的证据清楚，且满足起诉条件，可以依法对其提起公诉。
- 对于辩护律师：在代理案件时，应仔细审查案件证据，如果发现只有个别嫌疑人的证据清楚，而其他嫌疑人的证据存在疑问或不足，可以积极为当事人进行无罪或罪轻辩护，争取最有利的诉讼结果。
- 对于当事人：如果自己是证据清楚的个别嫌疑人之一，应积极配合检察机关的调查和起诉工作，同时寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。如果自己是证据尚不充分的嫌疑人之一，也不要灰心丧气，应积极配合侦查机关的调查工作，争取早日查清事实真相。
可能后果：
- 如果检察机关对证据充分的个别嫌疑人提起公诉，并经法院审理认定有罪，该嫌疑人将面临相应的刑事处罚。
- 如果检察机关在审查起诉过程中发现证据不足或存在疑问，可能会决定不起诉或退回补充侦查。这并不意味着嫌疑人无罪，而是需要进一步查清事实真相后再作决定。
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