结论：实物赔偿协议中选择了修理厂且对方已付款后，协议是否可以更改需视具体情况而定，包括协议的具体内容、双方协商情况以及是否存在法定或约定的变更情形。

分析如下：

1. 协议内容与双方协商：

   • 如果实物赔偿协议中明确规定了赔偿方式、修理厂的选择以及付款后不得更改等条款，那么双方应严格遵守协议内容，除非双方达成新的协议或存在法定变更情形。
   • 若协议中未明确规定付款后不得更改，或者双方协商一致同意更改赔偿方式或修理厂，那么协议是可以更改的。这种情况下，更改协议应尽可能采用书面形式，以明确双方的权利和义务。

2. 法定变更情形：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立后，当事人协商一致，可以变更合同。因此，如果双方就更改实物赔偿协议达成一致意见，那么协议是可以依法变更的。
   • 另外，如果因不可抗力、情势变更等法定原因导致原协议无法履行或履行显失公平，一方也可以请求人民法院或仲裁机构变更或解除合同。但这种情况需要满足一定的法律条件，并经过法定程序。

3. 实际操作建议：

   • 如果双方希望更改实物赔偿协议，建议首先进行友好协商，并尽可能达成书面变更协议，以明确更改的内容、时间、方式等关键条款。
   • 如果协商不成，或者存在争议，可以寻求法律途径解决。例如，可以向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，请求确认协议的变更或解除。

可能后果与风险提示：

• 如果未经对方同意擅自更改实物赔偿协议，可能构成违约行为，需要承担违约责任。这可能包括赔偿对方因此遭受的损失、支付违约金等。
• 如果更改协议涉及第三方利益（如修理厂），还需要考虑第三方的权益保护问题。例如，如果更改协议导致修理厂无法履行原合同义务，可能需要与修理厂协商解决或承担相应责任。

总结与建议：

实物赔偿协议中选择了修理厂且对方已付款后，协议是否可以更改需根据具体情况判断。如果双方协商一致或存在法定变更情形，协议是可以更改的。但为了避免纠纷和风险，建议双方在更改协议时尽可能采用书面形式，并明确更改的内容、时间、方式等关键条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。