结论：员工盗窃客户公司财物导致合作终止，公司需从内部管理、法律追责及合作恢复或止损三个主要角度综合处理。以下为详细分析：
一、内部管理角度
立即调查与确认事实：
- 公司应迅速启动内部调查程序，收集相关证据，包括监控录像、证人证言、被盗财物清单等，以确认员工盗窃行为的事实及具体情节。
- 调查过程中，应确保程序合法，避免侵犯员工合法权益，如非法搜查、非法拘禁等。
依据规章制度处理员工：
- 根据公司内部规章制度，对涉事员工进行相应处理，如警告、记过、降职、解雇等。若员工行为构成严重违反公司规章制度，公司有权依法解除劳动合同。
- 在处理过程中，应确保程序公正、透明，并保留相关书面记录，以备后续法律程序使用。
加强内部管理：
- 公司应借此机会加强内部管理，完善安全防范措施，如增加监控设备、加强门禁管理、定期进行安全培训等，以防止类似事件再次发生。
- 同时，公司应建立健全的内部控制体系，加强对员工行为的监督和管理，确保公司资产安全。
二、法律追责角度
报警并配合调查：
- 公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据材料，配合公安机关进行调查取证工作。
- 公安机关将依法对涉事员工进行刑事侦查，并根据调查结果决定是否立案侦查、采取强制措施等。
提起刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼：
- 若员工盗窃行为构成犯罪，公司可在刑事诉讼过程中提起刑事附带民事诉讼，要求员工赔偿因盗窃行为给公司造成的经济损失。
- 若公司选择不提起刑事附带民事诉讼，也可在刑事诉讼结束后单独提起民事诉讼，要求员工承担民事赔偿责任。
追究公司相关责任人的管理责任：
- 若公司相关责任人在员工盗窃事件中存在管理疏忽或失职行为，公司可依据内部规章制度或相关法律法规追究其管理责任。
三、合作恢复或止损角度
与客户沟通协商：
- 公司应主动与客户沟通，说明员工盗窃事件的情况及公司已采取的措施，表达公司对合作关系的重视及恢复合作的意愿。
- 根据客户反馈及合作实际情况，公司可与客户协商制定合作恢复方案或止损措施，如加强合作过程中的安全防范措施、调整合作方式等。
评估合作终止的损失及应对措施：
- 若合作已因员工盗窃事件而终止，公司应评估合作终止给公司造成的经济损失及商业影响，并制定相应的应对措施。
- 应对措施可能包括寻找新的合作伙伴、调整业务策略、加强市场推广等，以降低合作终止对公司的不利影响。
考虑法律途径维护公司权益：
- 若客户因员工盗窃事件而提出不合理要求或拒绝恢复合作，公司可考虑通过法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
后续行动建议：公司在处理此类事件时，应确保所有行动均符合法律法规要求，避免因处理不当而引发新的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。