结论：在受理申请有效期内没有出具行政许可决定，直接发送告知函注销一般是不合法的，但具体还需根据实际情况和相关法律规定来判断。
分析：
行政许可的法定程序：
- 根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关在受理行政许可申请后，应当在法定期限内作出决定。如果行政机关在法定期限内未作出决定，申请人可以依法向上一级行政机关或者法律、法规规定的行政机关投诉、举报，或者依法申请行政复议、提起行政诉讼。
- 直接发送告知函注销，而未在法定期限内作出行政许可决定，可能违反了行政许可的法定程序，侵犯了申请人的合法权益。
注销行政许可的法定条件：
- 注销行政许可通常是在行政许可被撤销、撤回，或者行政许可证件依法被吊销，以及行政许可有效期届满未延续等法定情形下进行的。
- 如果行政机关仅因未在受理申请有效期内出具行政许可决定，就直接注销行政许可，这并不符合注销行政许可的法定条件。
可能的法律后果：
- 如果行政机关的行为被认定为违法，申请人可以依法要求行政机关承担相应的法律责任，包括但不限于撤销注销决定、恢复行政许可、赔偿损失等。
- 同时，行政机关及其工作人员也可能因违法行政而面临法律责任，如被责令改正、给予处分等。
建议：
- 对于申请人：如果遇到行政机关在受理申请有效期内未出具行政许可决定，并直接发送告知函注销的情况，建议及时咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径。
- 对于行政机关：应严格遵守行政许可的法定程序和注销行政许可的法定条件，确保行政行为的合法性和正当性。如果因特殊情况无法在法定期限内作出决定，应及时与申请人沟通并说明情况，避免引发不必要的法律纠纷。
进一步思考：
- 在实际操作中，行政机关和申请人之间的沟通至关重要。行政机关应提高行政效率，确保在法定期限内作出决定；申请人也应积极了解行政许可的进展情况，及时与行政机关沟通并表达自己的诉求。
- 如果遇到复杂的行政许可问题或法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
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