结论：行政机关在制止违法行为时，若未告知本人原因理由即吊扣、注销许可证，这一行为通常是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、程序正当性原则
行政机关在行使行政权力时，必须遵循程序正当性原则。这意味着行政机关在作出对当事人不利的行政行为时，应当事先告知当事人相关的事实、理由和依据，并听取当事人的陈述和申辩。这是保障当事人合法权益、确保行政行为公正透明的重要程序要求。若行政机关未履行这一告知义务，即直接吊扣、注销许可证，显然违反了程序正当性原则，该行政行为可能因程序违法而被撤销或确认无效。
二、具体法律依据
《中华人民共和国行政处罚法》：该法明确规定了行政机关在作出行政处罚决定前，应当告知当事人拟作出的行政处罚内容及事实、理由、依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。若行政机关未履行这一告知义务，行政处罚决定将因程序违法而可能被撤销。虽然吊扣、注销许可证可能不属于传统意义上的“行政处罚”，但这一原则同样适用于其他对当事人权益产生重大影响的行政行为。
《中华人民共和国行政许可法》：该法规定了行政机关在依法变更或者撤回已经生效的行政许可时，应当对由此给公民、法人或者其他组织造成的财产损失依法给予补偿。同时，行政机关在作出吊销许可证等行政许可撤销决定时，也应当遵循法定程序，包括告知当事人相关事实、理由和依据，并听取当事人的陈述和申辩。若行政机关未履行这些程序要求，其撤销行政许可的决定可能因程序违法而无效。
三、可能的法律后果
若行政机关未告知本人原因理由即吊扣、注销许可证，当事人有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或确认该行政行为无效。在行政复议或行政诉讼过程中，行政机关需要证明其行政行为的合法性，包括程序合法性。若行政机关无法提供充分证据证明其已履行告知义务，其行政行为将可能被撤销或确认无效。
四、建议与措施
对于当事人：若您遭遇了行政机关未告知原因理由即吊扣、注销许可证的情况，建议您及时收集相关证据，如许可证被吊扣、注销的通知、行政机关的执法记录等，并依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
对于行政机关：行政机关在行使行政权力时，应严格遵守法定程序，确保行政行为的合法性和公正性。在作出对当事人不利的行政行为前，务必履行告知义务，听取当事人的陈述和申辩，以避免因程序违法而引发的行政争议和法律风险。
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