合作投资建厂房协议的有效性取决于多个关键因素，以下是对此问题的全面分析：
主体适格性：
- 协议双方必须具备相应的民事行为能力。这通常意味着双方应为依法成立的企业法人或具有完全民事行为能力的自然人，能够独立承担民事责任。若一方不具备相应的民事行为能力，如未成年人或精神病人，则其签订的协议可能无效。
意思表示的真实性：
- 合作投资建厂房必须是双方真实的意愿表达，不存在欺诈、胁迫、重大误解等不正当手段。双方应经过充分协商，对合作建厂房的各项事宜，如投资比例、利润分配、风险承担等达成一致意见。若存在欺诈、胁迫等情形，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销协议。
内容合法合规性：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议不得违反土地管理法关于土地用途的规定，不得擅自改变土地用途进行建设。同时，协议的目的和方式必须符合社会公共秩序和善良风俗，不得以合作建厂房为名进行非法活动。
符合法定形式：
- 如果法律、行政法规规定合作投资建厂房协议应当采用书面形式，并办理批准、登记等手续，双方必须严格履行这些程序。例如，某些地区可能要求协议书必须经过相关部门的备案登记才生效。未履行法定形式的协议，可能因不符合法律规定而无效。
无恶意串通：
- 合作双方不得恶意串通，损害国家、集体或第三人的利益。例如，双方不得为逃避债务而签订虚假合作协议，转移财产。此类协议因损害他人利益而无效。
针对合作投资建厂房协议，以下是一些增强其法律效力的建议：
- 公证或律师见证：为增强协议的法律效力，建议双方前往公证处进行公证，或邀请律师见证协议的签订过程。公证和律师见证可以确保协议的真实性和合法性，为后续可能出现的纠纷提供有力证据。
- 依法登记：如果协议涉及房产等需要办理登记手续的内容，双方应依法办理登记，确保物权变动生效。例如，建设厂房可能需要办理建设工程规划许可证、施工许可证等手续，双方应确保这些手续的合法性和有效性。
若合作投资建厂房协议存在以下情形，则可能无效：
- 主体不适格，如一方不具有房地产开发经营资质，且在起诉前未取得该资质。
- 土地性质及使用违法，如擅自改变土地用途进行建设，或以合作建厂房为名非法转让土地使用权。
- 违反规划建设规定，如未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定进行建设。
- 恶意串通损害他人利益，如为逃避债务转移财产而签订虚假合作协议。
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