针对您提出的“长期虚开发票，司法机关五年之前的虚开会不追溯吗”这一问题，我将从税款追征期和行政处罚期两个方面为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，税务处理存在双重时效规则，这主要依据《税收征收管理法》的相关规定。

一、税款追征期

1. 偷税、抗税、骗税情形：

   • 对于这类严重的税务违法行为，税务机关有权进行无限期追征。也就是说，无论虚开发票的行为发生在何时，只要被认定为偷税、抗税或骗税，税务机关都有权追征相应的税款和滞纳金。

2. 其他情形（如善意取得）：

   • 对于非偷税、抗税、骗税的其他情形，如善意取得虚开发票（即企业无主观故意，且交易真实、资金流一致），税务机关通常会在五年内进行追征。超过五年未被发现的，一般不再追征税款和滞纳金。但需要注意的是，即使超过五年追征期，企业仍可能需要进行账务调整，这可能导致一定的经济损失。

二、行政处罚期

• 无论是否构成偷税，行政处罚的追溯期均为五年。超过五年未被发现的税务违法行为，税务机关将不再给予行政处罚。

结合具体案例分析：

• 以南京YS机械制造有限公司为例，该公司2015年接受了上游企业虚开的增值税专用发票。2023年税务机关查实后，认定其为善意取得虚开发票。由于超过五年追征期，税务机关不再追征增值税及附加税费，也不予罚款。但企业仍需进行账务调整，导致需补缴对应税款，造成经济损失。

• 另一个案例是某科技公司，该公司通过虚开发票多列成本，构成偷税。税务机关对其2016-2017年的偷税行为进行了全额追征税款，不受五年限制。但对于超过五年的部分，则不予处罚。

企业应对策略：

1. 严格发票审核：

   • 企业应核查交易的真实性、开票方的资质，确保“四流一致”（即合同流、资金流、发票流、货物流一致），从源头上杜绝虚开发票的行为。

2. 定期自查自纠：

   • 企业应对历史发票进行合规性审查，及时发现并纠正潜在的税务风险。

3. 关注时效临界点：

   • 若虚开发票行为接近五年时效，企业应评估主动补税与被动查处的成本差异，做出合理的决策。

综上所述，长期虚开发票的行为，即使发生在五年之前，也可能面临税务机关的追征和处罚。具体是否追溯，取决于虚开发票的性质、企业的主观意图以及税务机关的发现时间。因此，企业应严格遵守税收法律法规，杜绝虚开发票的行为，确保合规经营。