针对“公交公司司机查出有案底怎么处理”的问题，首先需明确的是，处理方式将依据案底的性质、严重程度以及公交公司的内部规定和国家相关法律法规来综合决定。以下是从几个关键角度给出的分析：

1. 案底性质与严重程度：

   • 若案底涉及轻微的交通违法或一般治安处罚，且未造成严重后果，公交公司可能会依据内部管理制度进行相应处理，如警告、罚款、停职检查等。
   • 若案底涉及严重的刑事犯罪，如危害公共安全、交通肇事逃逸等，公交公司通常会依据《劳动合同法》及公司内部规定，采取解除劳动合同等严厉措施。

2. 公交公司内部规定：

   • 公交公司应参照国家相关法律法规及行业标准，制定完善的员工管理制度，明确对具有案底员工的处理办法。
   • 公司应确保处理过程的公正性、透明性，并保障员工的合法权益。

3. 法律法规依据：

   • 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
   • 若公交司机被依法追究刑事责任，公交公司有权依据上述法律规定解除劳动合同。

4. 员工权益保障：

   • 在处理过程中，公交公司应确保员工的知情权、申辩权等合法权益得到保障。
   • 若员工对处理决定不服，可依据公司规定或相关法律法规申请复议或提起诉讼。

综上所述，公交公司司机查出有案底后，公司应依据案底性质、严重程度、内部规定及法律法规进行综合处理。同时，应确保处理过程的公正性、透明性，并保障员工的合法权益。若您或您所在的公司面临此类问题，建议详细咨询专业律师，以确保处理方式的合法性与合理性。