个体经营户在合同上加盖已注销营业执照主体的公章是违法的。以下是具体的法律分析和建议：

1. 法律性质分析：

   • 已注销的营业执照主体，在法律上已经不存在，不再具有签订合同的资格和能力。
   • 个体经营户作为独立的经营实体，应当使用自身有效的公章进行合同签订。
   • 加盖已注销营业执照主体的公章，构成对合同主体的虚假表示，可能引发合同无效或可撤销的法律后果。

2. 法律后果：

   • 若合同相对方发现公章问题，可能主张合同无效或要求撤销合同，导致个体经营户面临违约责任。
   • 个体经营户可能因虚假表示行为承担行政责任，如罚款、警告等。
   • 在严重情况下，若构成诈骗或其他犯罪行为，还可能面临刑事责任。

3. 建议措施：

   • 个体经营户应确保使用自身有效的公章进行合同签订，避免使用已注销或无效的公章。
   • 在签订合同时，应仔细核对合同主体的身份和资格，确保合同的有效性。
   • 如发现已使用已注销营业执照主体的公章签订合同，应立即与合同相对方沟通，寻求解决方案，如重新签订合同或补充协议。

综上所述，个体经营户在合同上加盖已注销营业执照主体的公章是违法的，可能引发一系列法律后果。因此，建议个体经营户在合同签订过程中务必谨慎，确保使用有效的公章，并核对合同主体的身份和资格。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。