综合计算工时制下，法定节假日是不被扣除的，且员工在法定节假日工作的，应依法获得相应的加班费。以下是对此问题的详细分析：
一、综合计算工时制的特点
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期（如周、月、季、年）内总工作时间超过标准工作时间，但要求平均工作时间不超过法定标准。这种制度为用人单位提供了更大的灵活性来安排员工的工作时间，以适应因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。
二、法定节假日在综合计算工时制中的处理
独立性：法定节假日是独立于综合计算工时周期之外进行考量的。这意味着，在计算综合工时制的总工作时间时，不能将法定节假日的工作时间纳入其中进行调休或平均。法定节假日是员工依法享有的休息日，不受综合工时制等灵活工作安排制度的影响。
加班费支付：根据我国《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定，用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，必须支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定适用于所有工时制度，包括标准工时制、综合工时制以及不定时工时制。因此，无论员工实行的是哪种工时制度，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照上述标准支付加班工资。
三、实例说明
以某实行综合工时制的员工为例，其综合计算周期为一个季度。在这个季度内，除法定节假日外，其工作时间总和经计算未超过法定标准工作时间。然而，如果该员工在国庆节（法定节假日）当天被安排上班，那么用人单位就需要单独按照不低于该员工工资300%的标准支付国庆节当天的加班工资，而不能将这一天的工作时间计入综合计算工时的周期内。
四、法律建议
明确合同条款：用人单位在与员工签订劳动合同时，应明确约定工时制度以及法定节假日的工资支付标准，以避免后续争议。
遵守法律法规：用人单位应严格遵守国家关于法定节假日和加班工资支付的法律法规，确保员工的合法权益得到保障。
及时沟通协商：如遇特殊情况需要安排员工在法定节假日工作，用人单位应提前与员工进行沟通协商，并按照法律规定支付加班工资。
如果您在综合计算工时制或法定节假日工资支付方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。