结论：员工将工资卡密码改了并注销的行为，是否违法需分情况讨论，主要取决于员工的行为是否侵犯了老板的合法权益以及是否违反了相关法律规定。
分析：
从老板用工人工资卡套取工程款的角度：
- 老板使用工人的工资卡套取工程款，这一行为本身可能涉嫌违法，如涉及挪用资金、诈骗等违法行为。如果老板的行为被认定为违法，那么员工改密码和注销卡的行为，在某种程度上可以视为是对老板违法行为的一种反抗或自救措施。但员工采取的方式是否合法，还需进一步分析。
从员工改密码和注销卡的行为本身：
- 如果员工未经老板同意擅自改密码和注销卡：
- 这一行为可能侵犯了老板对工资卡的合法使用权。如果老板因此遭受了经济损失，员工可能需要承担相应的赔偿责任。
- 此外，如果员工的行为被认定为故意破坏财产或侵犯他人财产权，还可能面临行政处罚或刑事责任（具体取决于损失大小和情节严重程度）。
- 如果员工是在发现老板违法行为后，为了保护自己的合法权益而改密码和注销卡：
- 员工应首先尝试通过合法途径解决问题，如向相关部门举报老板的违法行为。
- 如果员工在紧急情况下，为了防止老板继续通过工资卡进行违法行为，而采取了改密码和注销卡的措施，且事后能够证明其行为的合理性和必要性，那么员工的行为可能不构成违法。但这种情况下的判断较为复杂，需要具体分析。
从法律后果的角度：
- 无论员工的行为是否违法，改密码和注销卡都可能导致老板无法正常使用工资卡，进而可能引发一系列的法律纠纷和经济损失。
- 如果员工的行为被认定为违法，除了可能面临民事赔偿外，还可能受到行政处罚或刑事处罚。
建议：
对于员工：
- 在发现老板有违法行为时，应首先通过合法途径解决问题，如向劳动监察部门举报或寻求法律援助。
- 如果确实需要采取紧急措施保护自己的合法权益，应确保行为的合理性和必要性，并尽可能保留相关证据以便后续维权。
- 在采取任何行动前，最好先咨询专业律师的意见，以确保自己的行为合法合规。
对于老板：
- 应遵守相关法律法规，不得使用工人的工资卡进行违法行为。
- 如果与员工之间存在纠纷或矛盾，应通过合法途径解决，如协商、调解或诉讼等。
总结：员工将工资卡密码改了并注销的行为是否违法，取决于多种因素，包括老板的行为性质、员工的行为动机和方式等。在处理此类问题时，建议双方都保持冷静和理性，通过合法途径解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。