员工申请劳动仲裁后公司注销了，劳动者仍可通过多种途径来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、明确公司注销的合法性及责任主体
公司注销的合法性：
- 首先，需要确认公司注销是否合法合规。这包括查看清算程序是否依法进行，特别是是否通知了作为债权人的劳动者。若清算程序存在瑕疵，如未通知劳动者参与清算，劳动者可向清算组成员主张权利，要求其承担赔偿责任。
责任主体的确定：
- 若公司已依法进行清算，且清算程序合法，劳动争议的相关债权债务由清算组负责处理。但在此情况下，若公司注销后仍有未清偿的债务，劳动者仍可向清算组成员或相关责任人主张权利。
- 若公司未经依法清算即注销，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。劳动者可要求这些主体承担支付责任。
二、具体维权步骤
收集证据：
- 劳动者应保留劳动合同、工资流水、仲裁申请书等材料，证明劳动关系及公司拖欠劳动报酬的事实。同时，收集公司注销的相关证据，如工商注销登记信息、清算报告等。
确定责任主体并提起诉讼：
- 根据公司注销的合法性及责任主体的确定，劳动者可向法院起诉清算组成员、股东或其他相关责任人，要求支付拖欠的工资、经济补偿金等。
- 在诉讼过程中，劳动者可申请财产保全，冻结责任主体的财产，防止其转移资产。
执行程序：
- 若胜诉后对方拒不履行，劳动者可申请强制执行，法院可采取查封、拍卖财产等措施来保障劳动者的权益。
三、法律程序的衔接与行政救济
法律程序的衔接：
- 劳动者在发现公司注销后，应及时向法院申请追加相关主体为被执行人，通过执行程序实现权益。
- 若劳动者在仲裁过程中得知公司注销，可变更或增加被申请人，请求有关责任人来履行生效的仲裁裁决。
行政救济：
- 劳动者也可向工商行政管理部门反映公司违法注销的情况。工商部门有权对违法注销行为进行调查和处理，并可能责令恢复公司登记，为劳动者维权提供行政支持。
四、注意事项
时效问题：
- 劳动争议仲裁时效为一年，劳动者需在法定期限内主张权利。诉讼时效一般为三年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时采取行动，确保在时效期内维护自己的权益。
集体维权：
- 若涉及多名员工，劳动者可联合维权，增强诉求力度。通过集体行动，可以更有效地推动问题的解决，并降低单个劳动者的维权成本。
五、示例说明
假设某公司拖欠员工工资后未经合法清算即注销，员工可采取以下行动：
- 查询工商档案，确认清算组未通知债权人；
- 以清算组成员和股东为被告提起诉讼，提交工资欠条、劳动合同等证据；
- 申请财产保全，冻结股东名下银行账户；
- 若胜诉后仍未获赔偿，申请强制执行。
总结来说，员工申请劳动仲裁后公司注销了，并不意味着劳动者的权益无法得到保障。劳动者应根据具体情况采取不同的措施来维护自己的合法权益，并在必要时寻求我的专业法律援助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。