针对您提出的“流转出去的土地被建设成蔬菜大棚并且破坏了耕地层应该怎么办”的问题，以下是我的详细解答：

1. 确认流转合同的合法性及内容：

   • 首先，您需要确认与承租方签订的土地流转合同是否合法有效，以及合同中是否明确规定了土地用途、保护耕地层等条款。如果合同中有明确规定承租方不得破坏耕地层或改变土地用途，那么承租方的行为就构成了违约。

2. 与承租方协商：

   • 在确认合同内容后，您可以尝试与承租方进行协商，要求其停止破坏耕地层的行为，并恢复土地原状。如果承租方同意并采取措施进行整改，那么问题可能得到妥善解决。

3. 向相关部门举报：

   • 如果协商无果，或者承租方拒绝整改，您可以向当地的农业部门、国土资源部门或环保部门进行举报。这些部门有权对破坏耕地层的行为进行调查，并根据相关法律法规对承租方进行处罚。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，破坏耕地层可能构成非法占用农用地罪或破坏耕地罪，相关部门将依法进行查处。

4. 考虑法律途径：

   • 如果举报后问题仍未得到解决，或者您认为承租方的行为已经给您造成了损失，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼，要求承租方承担违约责任、赔偿损失等。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明承租方的行为已经构成了违约或侵权，以及您因此遭受的损失。

5. 关注土地复垦与生态修复：

   • 除了追究承租方的责任外，您还应关注土地的复垦与生态修复工作。如果耕地层被破坏，土地可能无法继续用于农业生产。因此，在问题解决后，您应考虑对土地进行复垦和生态修复，以恢复其生产能力。这可能需要一定的资金和技术支持，您可以寻求政府或相关机构的帮助。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 保留证据：在协商、举报或诉讼过程中，您需要保留好与承租方的合同、沟通记录、照片或视频等证据，以证明承租方的行为已经构成了违约或侵权。
• 及时行动：一旦发现承租方有破坏耕地层的行为，您应及时采取行动，避免问题进一步恶化。
• 寻求专业帮助：如果您对法律程序或相关法律法规不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分维护。

最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。