股东会是否可以任命董事长，需根据公司具体性质及公司章程的特别规定来确定。以下从不同角度进行详细分析：
有限责任公司中的情况
- 一般规定：在有限责任公司中，股东会作为公司的最高权力机构，负责选举和更换董事。董事长及副董事长的产生办法通常由公司章程具体规定。这意味着，如果公司章程明确规定董事长由股东会选举产生，那么股东会就有权直接任命董事长。然而，在多数情况下，董事长是由董事会成员内部选举产生的。
- 特殊情况：对于国有独资公司这一特殊形式的有限责任公司，董事长及副董事长由国有资产监督管理机构从董事会成员中指定，而非通过股东会选举。这是因为国有独资公司不设股东会，其职权由国有资产监督管理机构行使。
股份有限公司中的情况
- 在股份有限公司中，董事会成员通常为五人至十九人，并设董事长一人及可能的副董事长。与有限责任公司不同，股份有限公司的董事长和副董事长是由董事会以全体董事的过半数选举产生的。因此，在股份有限公司中，股东会通常不直接参与董事长的选举或任命过程。
公司章程的自治原则
- 尽管上述规定明确了股东会在不同类型公司中任命董事长的常规流程，但《中华人民共和国公司法》同样体现了自治原则。这意味着公司章程可以对董事长的选举或任命方式作出特别规定。如果公司章程明确规定董事长由全体股东共同选举产生，那么在这种情况下，股东会就有权直接任命董事长。这种特别规定虽然不常见，但在法律上是允许的，并且应当得到尊重和执行。
法律建议：
- 在实际操作中，应首先查阅公司章程，了解其中关于董事长选举或任命的具体规定。
- 如果公司章程没有明确规定，或者规定与上述常规流程不符，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保公司治理结构的合法性和有效性。
- 无论采用何种方式选举或任命董事长，都应确保过程公开、公正、透明，并符合相关法律法规和公司章程的规定。
可能后果：
- 如果股东会未经合法程序直接任命董事长，可能会引发公司内部治理纠纷，甚至导致法律诉讼。
- 违反公司章程或相关法律法规选举或任命董事长，可能会使相关决议无效，并给公司带来不必要的法律风险和损失。
因此，在任命董事长时，务必遵循公司章程和相关法律法规的规定，确保选举或任命过程的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。