结论：公务员不知情收受3万并在两年后发现及时上交，这一行为是否影响提拔，需结合具体情节、当地政策及组织考察情况综合判断，无法直接给出肯定或否定的结论。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
收受财物的性质：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百八十五条，国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物的，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的，是受贿罪。但在此案例中，公务员是“不知情”收受，且未为他人谋取利益，因此不构成受贿罪。然而，这并不意味着该行为完全合法或无后果，因为公务员的廉洁性要求其不得接受任何可能影响公正执行公务的财物。
及时上交的影响：
- 公务员在发现收受财物后及时上交，表明其有改正错误的意愿和行动，这在一定程度上可以减轻其行为的严重性。但具体是否影响提拔，还需看组织对此行为的评价以及当地的相关政策。
二、组织考察与纪律处分角度
组织考察：
- 公务员的提拔通常需要经过严格的组织考察程序，包括个人品德、工作能力、廉洁自律等方面的评价。收受财物（即使不知情且已上交）可能成为组织考察中的一个负面因素，影响考察结果。
纪律处分：
- 根据《中华人民共和国公职人员政务处分法》等相关规定，公务员违反廉洁纪律，收受可能影响公正执行公务的礼品、礼金等，即使情节轻微，也可能受到警告、记过等纪律处分。纪律处分的情况会记录在个人档案中，对提拔产生不利影响。
三、实际操作与政策差异角度
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，组织对于公务员收受财物的处理可能存在一定的灵活性。如果公务员能够证明自己确实不知情，且及时上交，组织可能会根据具体情况给予从轻或减轻处理。
地方政策的差异：
- 不同地区对于公务员收受财物的处理政策可能存在差异。一些地区可能对此类行为采取更为严厉的态度，而另一些地区则可能相对宽松。因此，具体是否影响提拔还需参考当地的相关政策。
四、建议与措施
主动说明情况：
- 如果公务员发现自己收受了财物，应立即向组织说明情况，并主动上交财物。这有助于减轻组织的疑虑和负面评价。
加强廉洁自律教育：
- 公务员应加强自身的廉洁自律教育，提高对廉洁纪律的认识和重视程度，避免类似情况的发生。
关注当地政策动态：
- 公务员应关注当地关于公务员廉洁自律的政策动态，了解组织对于此类行为的具体处理方式和标准。
总结：公务员不知情收受3万并在两年后发现及时上交，这一行为是否影响提拔需结合具体情节、当地政策及组织考察情况综合判断。建议公务员加强廉洁自律教育，主动说明情况并上交财物，以减轻可能的负面影响。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。