行政机关在刑事案件中确实负有作证义务，这一义务主要基于法律规定和刑事诉讼的需要。以下从多个角度对这一问题进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。必须保证一切与案件有关或者了解案情的公民，有客观地充分地提供证据的条件，除特殊情况外，可以吸收他们协助调查”。虽然该条款并未直接提及行政机关，但“一切与案件有关或者了解案情的公民”的表述，在广义上涵盖了行政机关及其工作人员，当他们了解案件情况时，有义务提供证据。此外，对于行政机关在执法过程中收集的证据，如符合刑事诉讼法的规定，也可以作为刑事诉讼中的证据使用，这间接体现了行政机关在刑事案件中的作证义务。
二、作证义务的具体表现
提供书证、物证：行政机关在执法过程中收集的书证、物证等，如果与刑事案件有关，应当按照刑事诉讼程序的要求，提供给司法机关作为证据使用。
出庭作证：在特定情况下，行政机关的工作人员可能需要出庭作证，就其了解的案件情况向法庭陈述。这通常发生在行政机关工作人员直接目击了犯罪行为，或者其执法行为与犯罪行为有直接关联的情况下。
配合调查：行政机关有义务配合司法机关的调查工作，提供必要的协助和支持。这包括提供执法记录、监控录像等可能有助于查明案件事实的资料。
三、作证义务的例外情况
虽然行政机关在刑事案件中负有作证义务，但也存在一些例外情况。例如：
涉及国家秘密：如果行政机关掌握的信息涉及国家秘密，且公开可能损害国家利益，那么行政机关可以拒绝提供该信息作为证据。
涉及个人隐私：如果行政机关掌握的信息涉及个人隐私，且公开可能侵犯他人的合法权益，那么行政机关在提供证据时应当谨慎处理，必要时可以拒绝提供或者经过脱敏处理后提供。
法律另有规定：如果法律对行政机关在特定情况下的作证义务有特别规定，那么应当遵循该特别规定。
四、法律后果
如果行政机关拒绝履行作证义务，可能会面临一定的法律后果。虽然刑事诉讼法并未直接规定行政机关拒绝作证的具体法律责任，但根据行政机关的性质和职责，其拒绝作证的行为可能构成妨碍诉讼行为，司法机关可以依法对其采取相应的强制措施或者追究其相关责任。同时，如果行政机关的拒绝作证行为导致案件无法公正审理或者造成其他严重后果的，还可能面临更严重的法律责任。
总结来说，行政机关在刑事案件中负有作证义务，这是基于法律规定和刑事诉讼的需要。行政机关应当积极履行这一义务，提供与案件有关的证据和信息，以协助司法机关查明案件事实、公正审理案件。如果行政机关拒绝履行作证义务，可能会面临一定的法律后果。如果您有具体的法律问题或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。