分公司与总公司的保证金纠纷一般不属于劳动仲裁的受理范围，而是属于民事纠纷，应当通过民事诉讼途径解决。以下是对这一问题的详细分析：

1. 劳动仲裁的受理范围：

   • 劳动仲裁主要处理的是劳动者与用人单位之间因劳动权利义务而发生的争议，如劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止，以及劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项。
   • 保证金纠纷，如果并非直接涉及劳动者与用人单位之间的劳动权利义务关系，而是分公司与总公司之间的内部财务或合同关系，则通常不属于劳动仲裁的受理范围。

2. 分公司与总公司的法律关系：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 分公司与总公司之间的保证金纠纷，实质上是同一法人实体内部的财务或合同纠纷，这种纠纷应当通过民事诉讼途径解决，而不是劳动仲裁。

3. 可能的法律后果与建议：

   • 如果分公司与总公司之间就保证金问题产生争议，且无法通过协商解决，建议双方通过民事诉讼途径解决纠纷。
   • 在提起民事诉讼前，双方应尽可能收集相关证据，如合同、转账记录、沟通记录等，以支持自己的主张。
   • 如果纠纷涉及金额较大或法律关系复杂，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

4. 特殊情况说明：

   • 如果保证金纠纷与劳动者的劳动权利义务直接相关，例如保证金是作为劳动者履行劳动合同的担保，且该担保行为违反了法律法规或劳动合同的约定，那么劳动者可能可以就此问题向劳动仲裁机构申请仲裁。但这种情况相对特殊，需要具体分析。

总结来说，分公司与总公司的保证金纠纷一般不属于劳动仲裁的受理范围。如果双方无法通过协商解决纠纷，建议通过民事诉讼途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。