当案件超过了诉讼时效，人民法院的处理方式是一个相对复杂但又有明确法律依据的过程。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关法律依据：

一、立案受理阶段

首先，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，即使案件超过了诉讼时效，只要当事人的起诉符合民事诉讼法规定的立案条件，如存在明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等，人民法院仍然会予以受理。这意味着，诉讼时效的过期并不会直接导致法院拒绝受理案件。

二、审理阶段

1. 当事人提出时效抗辩

   • 在审理过程中，如果被告以原告的诉讼请求超过诉讼时效为由提出抗辩，并且法院经审理查明该抗辩事由成立，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法院会判决驳回原告的诉讼请求。这是因为诉讼时效期间届满后，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

   • 然而，也存在一些特殊情况可能导致诉讼时效中断、中止或延长。例如，不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等原因导致不能行使请求权。如果原告能够证明存在这些法定事由，诉讼时效可能未届满，法院会继续审理案件。

2. 当事人未提出时效抗辩

   • 如果被告在诉讼中未提出诉讼时效抗辩，根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》，人民法院不会主动对诉讼时效问题进行释明或适用诉讼时效的规定进行裁判。这意味着，法院不会主动提醒或告知被告关于诉讼时效的问题，而是会根据案件事实和证据作出正常裁判。

三、上诉阶段

如果当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出，人民法院一般不予支持。但存在例外情况，即基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形。在这种情况下，法院会对新证据进行审查，若属实则可能支持抗辩。

四、特殊情况处理

除了上述一般情况外，还存在一些特殊情况的处理方式：

1. 特定约定或法律特别规定：在某些情况下，虽然案件超过了诉讼时效，但如果当事人之间存在特定的约定或者法律另有特别规定，法院可能会根据这些约定或规定来处理案件。

2. 自愿履行义务：如果当事人在诉讼过程中自愿履行义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。这是因为诉讼时效的过期并不影响义务人自愿履行义务的合法性。

3. 债务承认：诉讼时效期间届满后，如果债务人作出分期履行、部分履行、提供担保、请求延期履行、制定清偿债务计划等承诺或者行为，应当认定为“义务人同意履行义务”，此时诉讼时效会重新计算。

总结与建议

在处理超过诉讼时效的案件时，人民法院会严格依法进行审查和处理，确保法律的公正性和权威性。因此，作为当事人，在提起诉讼前应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。同时，也应注意是否存在特殊情况或约定，以便更好地维护自己的合法权益。如果您面临类似情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。