企业被停票后，税务机关仍然可以下责令限期整改的通知。以下是对这一问题的详细分析：

一、停票与责令限期整改的性质

1. 停票：通常指的是税务机关因企业存在税务违规行为（如未按规定开具发票、偷逃税款等），而采取的一种行政措施，即暂停企业开具发票的资格。这是一种较为严厉的处罚手段，旨在促使企业纠正其违规行为。

2. 责令限期整改：则是税务机关要求企业在一定期限内对其存在的税务问题进行整改，以符合税收法律法规的要求。这是一种相对温和的行政指导手段，旨在帮助企业规范税务行为，避免进一步的法律后果。

二、停票与责令限期整改的关系

1. 并行不悖：停票和责令限期整改并不是互斥的行政措施。税务机关在发现企业存在税务违规行为时，可以同时采取这两种措施。停票是为了立即制止企业的违规行为，而责令限期整改则是为了促使企业在未来一段时间内纠正其问题。

2. 整改是停票后的必要步骤：即使企业被停票，也并不意味着其税务问题就得到了解决。相反，企业仍然需要对其存在的税务问题进行整改，以符合税收法律法规的要求。因此，税务机关在下达停票通知的同时或之后，仍然可以下责令限期整改的通知。

三、法律后果与应对建议

1. 法律后果：如果企业未在规定期限内完成整改，税务机关可能会进一步采取处罚措施，如罚款、加收滞纳金、甚至吊销税务登记证等。这些后果将对企业产生严重的经济影响和法律风险。

2. 应对建议：

   • 积极配合税务机关：企业应积极响应税务机关的整改要求，及时提供相关资料和说明情况。
   • 制定整改计划：企业应根据税务机关的要求，制定详细的整改计划，并明确整改期限和责任人。
   • 加强内部管理：企业应加强内部税务管理，完善税务制度，确保未来不再发生类似的税务问题。
   • 寻求专业帮助：如果企业对税务问题存在疑问或不确定如何整改，可以寻求专业税务律师或会计师的帮助。

四、实际案例参考

在实际操作中，税务机关经常会对存在税务违规行为的企业同时采取停票和责令限期整改的措施。例如，某企业因未按规定开具发票被税务机关停票，并同时被要求在一定期限内完成整改，包括补开发票、完善内部税务管理制度等。该企业按照税务机关的要求完成了整改，并恢复了开具发票的资格。

综上所述，企业被停票后，税务机关仍然可以下责令限期整改的通知。企业应积极配合税务机关的整改要求，加强内部管理，确保未来不再发生类似的税务问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。