结论：在事实婚姻且女方不同意离婚的情况下，男方二次起诉法院是否会判解除婚姻关系，需根据具体情况判断，但若符合法定离婚条件，法院通常会判决解除婚姻关系。以下从不同角度详细分析：
一、事实婚姻的认定与法律后果
事实婚姻的定义：
- 事实婚姻通常指的是未办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女关系。在我国，自1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，未办理结婚登记即以夫妻名义同居生活的，不再被认定为事实婚姻，而是按同居关系处理。但在此之前形成的事实婚姻，法律上仍予以承认。
法律后果：
- 对于被认定为事实婚姻的，其法律后果与合法婚姻相同，即双方享有夫妻间的权利和义务，包括离婚时的财产分割、子女抚养等。
二、离婚诉讼的法定条件
法定离婚情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
- 法定离婚情形包括：重婚或者与他人同居；实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；有赌博、吸毒等恶习屡教不改；因感情不和分居满二年；其他导致夫妻感情破裂的情形。
二次起诉与离婚判决：
- 在第一次起诉离婚未获准许后，若双方感情仍未改善，且符合上述法定离婚情形之一的，男方再次起诉离婚时，法院通常会认为双方感情确已破裂，从而判决解除婚姻关系。
- 特别是当存在因感情不和分居满二年等明确证据时，法院判决离婚的可能性更大。
三、女方不同意离婚的影响
调解程序：
- 在离婚诉讼中，法院会首先进行调解，试图促使双方达成和解。若女方坚决不同意离婚，法院会进行更深入的调解工作，以尽可能维护家庭稳定。
判决依据：
- 尽管女方不同意离婚，但法院在判决时会以事实为依据，以法律为准绳。若男方能提供充分证据证明双方感情确已破裂，且符合法定离婚情形，法院仍会判决解除婚姻关系。
四、建议与注意事项
收集证据：
- 男方在二次起诉前应尽可能收集能够证明双方感情确已破裂的证据，如分居证明、沟通记录、证人证言等。
寻求专业帮助：
- 离婚诉讼涉及复杂的法律程序和证据规则，建议男方在起诉前咨询专业律师，以制定合适的诉讼策略。
尊重法院判决：
- 无论法院最终如何判决，双方都应尊重判决结果，并依法履行相关义务。若对判决不服，可在法定期限内提起上诉。
总结：在事实婚姻且女方不同意离婚的情况下，男方二次起诉法院是否会判解除婚姻关系，取决于双方感情是否确已破裂以及是否符合法定离婚情形。若男方能提供充分证据证明双方感情确已破裂，且符合法定条件，法院通常会判决解除婚姻关系。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。