针对您提出的“医师长期私自收取患者治疗费后怎样处理”的问题，这是一个涉及医疗行业职业道德、法律法规以及医院管理等多个层面的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、行为性质认定
医师长期私自收取患者治疗费，这一行为不仅严重违反了医疗行业的职业道德，更是对患者权益的侵害，同时也损害了医疗机构的声誉和公信力。从法律角度来看，这种行为可能涉嫌构成职务侵占罪，尤其是当私下收费金额较大时，将面临法律的严厉制裁。
二、处理依据
法律法规：
- 《中华人民共和国医师法》第五十六条明确规定了医师在执业活动中应遵守的法律法规和职业道德规范，对于违反规定的医师，将依法给予警告、责令暂停执业活动、吊销医师执业证书等处罚。
- 《中华人民共和国刑法》第二百七十一条对职务侵占罪有明确规定，对于利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为，将依法追究刑事责任。
行业规定：
- 医疗行业有严格的职业道德规范和行业准则，要求医师必须廉洁行医，不得利用职务之便谋取私利。
- 医疗机构通常也会制定内部管理制度，对医师的执业行为进行规范和约束。
三、处理措施
内部处理：
- 医疗机构应立即对涉事医师进行停职调查，核实其私自收费的行为事实。
- 根据调查结果，依据医院内部管理制度对涉事医师进行严肃处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 同时，医疗机构应加强内部管理，完善收费制度，防止类似事件再次发生。
法律追究：
- 如涉事医师的行为涉嫌构成职务侵占罪等刑事犯罪，医疗机构应及时向公安机关报案，配合司法机关进行调查处理。
- 司法机关将依法对涉事医师进行审判，根据其犯罪情节和后果给予相应的刑事处罚。
行业惩戒：
- 医疗行业主管部门或行业协会应对涉事医师进行行业惩戒，如吊销医师执业证书、禁止其在一定期限内从事医疗活动等。
- 通过行业惩戒，维护医疗行业的秩序和声誉，保障患者的合法权益。
四、预防措施
加强职业道德教育：
- 医疗机构应定期对医师进行职业道德教育，提高其廉洁行医的意识。
- 通过案例分析、警示教育等方式，让医师深刻认识到私自收费的严重性和危害性。
完善收费制度：
- 医疗机构应建立完善的收费制度，明确收费项目和标准，确保收费的公开透明。
- 加强对收费过程的监督和管理，防止医师利用职务之便私自收费。
加强患者监督：
- 医疗机构应鼓励患者对医师的执业行为进行监督，设立举报渠道和奖励机制。
- 对于患者举报的私自收费行为，医疗机构应及时进行调查处理，并给予举报人适当的奖励。
综上所述，医师长期私自收取患者治疗费是一种严重的违法行为，不仅损害了患者的权益和医疗机构的声誉，也违反了医疗行业的职业道德和法律法规。医疗机构应采取果断措施进行处理，并加强预防措施，防止类似事件再次发生。