企业违规收取部队费用属于违法行为，需根据具体情况承担相应法律责任，具体处理方式如下：

1. 民事责任层面
   若企业与部队存在合同关系（如服务合同、采购合同等），违规收费可能构成违约行为。部队可依据《民法典》要求企业：

   • 返还违规收取的费用；
     
   • 赔偿因违约造成的直接损失（如资金占用利息、额外支出等）；
     
   • 若存在欺诈或恶意串通，还可主张惩罚性赔偿（需符合《消费者权益保护法》等特别规定，但部队作为特殊主体可能不直接适用，需结合具体案情）。
     

2. 行政责任层面
   若企业行为违反《价格法》《反不正当竞争法》或行业监管规定（如涉及国防科研生产、军品采购等领域），可能面临：

   • 市场监管部门责令退还多收费用、没收违法所得；
     
   • 罚款（如《价格违法行为行政处罚规定》中，对不执行政府指导价的行为可处违法所得5倍以下罚款）；
     
   • 吊销营业执照或行业准入资格（如涉及军品资质的企业）。
     

3. 刑事责任层面
   若企业通过虚构项目、伪造文件等手段骗取部队资金，可能构成诈骗罪（《刑法》第266条）或合同诈骗罪（《刑法》第224条），需承担刑事责任。此外，若涉及国家工作人员与企业勾结，可能牵连贪污罪或受贿罪的共犯。

处理建议：

• 部队方：应立即固定证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），通过内部纪检部门或军事检察机关介入，同时可向地方市场监管部门、公安机关报案。
  
• 企业方：若已违规，应主动退还费用、配合调查，争取从轻处理；若对收费合法性有争议，可通过行政复议或诉讼解决，但需注意部队作为特殊主体的合同效力可能受《民法典》第498条（格式条款解释）等规定影响。
  

特殊情形：
若涉及军民融合项目或国防专利许可等特殊领域，还需结合《国防法》《军品管理条例》等法规，可能涉及军事法院管辖或国家安全审查。

如有进一步细节（如收费方式、合同性质、企业资质等），可向我补充说明，以便更精准分析。