市场监督中违法所得的认定，原则上是以实施违法行为的主体为准，既可能是公司，也可能是实际收益人，具体取决于违法行为的实施主体和收益归属。以下从不同角度进行分析：
一、以公司为认定主体的情况
公司直接实施违法行为：
- 当公司作为市场主体，直接实施了违反市场监督管理法律法规的行为，如生产销售不合格产品、虚假宣传等，且违法所得直接归属于公司时，那么违法所得的认定主体就是公司。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关市场监管法律法规，公司作为法人实体，需对其经营活动中的违法行为承担法律责任，包括违法所得的没收。
公司分支机构实施违法行为：
- 如果公司的分支机构（如分公司、办事处等）实施了违法行为，且违法所得归属于公司整体或该分支机构所代表的公司部分，那么违法所得的认定主体通常也是公司。
- 特殊情况：若分支机构具有独立的法人资格或财务核算体系，且违法所得独立归属于该分支机构，那么可能需根据具体情况判断认定主体。
二、以实际收益人为认定主体的情况
个人利用公司名义实施违法行为：
- 当个人（如公司高管、员工或外部合作方）利用公司的名义或资源实施违法行为，且违法所得主要归属于该个人时，那么违法所得的认定主体就是该实际收益人。
- 示例：公司员工私自利用公司渠道销售假冒伪劣产品，并将所得款项据为己有。
公司与个人共同实施违法行为：
- 在某些情况下，公司和个人可能共同实施违法行为，并共同分享违法所得。此时，违法所得的认定主体可能涉及公司和实际收益人双方。
- 处理原则：根据各自在违法行为中的角色、贡献和收益分配情况，分别确定公司和实际收益人应承担的法律责任和违法所得的没收比例。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 对于公司而言，应建立健全内部合规管理制度，加强对员工和分支机构的监督和管理，防止违法行为的发生。
- 对于个人而言，应遵守法律法规和职业道德规范，不得利用公司名义或资源实施违法行为。
法律后果：
- 如果被认定为违法所得的主体（无论是公司还是实际收益人），都将面临市场监管部门的处罚，包括没收违法所得、罚款等。
- 在严重情况下，还可能涉及刑事责任，如构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
总结来说，市场监督中违法所得的认定需根据违法行为的实施主体和收益归属来判断。在实际操作中，市场监管部门会综合考虑各种因素，如违法行为的性质、情节、后果以及主体的角色和贡献等，来做出合理的认定。如果您或您的公司面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。