二级分支机构注销时欠总公司的钱，可通过以下方式处理：

1. 债务清算与承担
   根据《公司法》及相关司法解释，分支机构不具备独立法人资格，其民事责任由总公司承担。若分支机构注销时存在未清偿债务，总公司作为权利人可直接主张债权。具体操作中，需在注销清算程序中依法申报债权，清算组应将分支机构财产用于清偿债务，不足部分由总公司补足（若分支机构财产独立于总公司）。若总公司同时为债务人，需通过内部财务调整或资产划转实现债权债务抵销。

2. 清算程序合规性审查
   需重点核查分支机构注销是否依法完成清算程序：

   • 清算组成立：是否在注销决定作出后15日内成立清算组，并通知债权人申报债权；
     
   • 债权申报期限：清算组应自成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上公告，债权人需在30日至45日内申报债权；
     
   • 财产分配顺序：清算费用、职工工资、社保费用、税款后，剩余财产按股东出资比例分配（若分支机构有独立财产）。
     若清算程序存在瑕疵（如未依法通知债权人），总公司可要求清算组成员承担赔偿责任。

3. 内部财务处理建议

   • 债权确认：总公司应与分支机构核对账目，明确欠款金额、性质（如货款、借款）及形成时间，保留合同、发票、转账记录等证据；
     
   • 资产划转：若分支机构有独立财产（如设备、存货），可通过资产评估后划转至总公司，用于抵偿债务；
     
   • 税务处理：注销时需完成税务清算，若分支机构存在未缴税款，税务局可能要求总公司补缴，需在债务清偿中预留税款资金。

4. 特殊情形处理

   • 分支机构财产混同：若分支机构与总公司财务混同（如资金共用、账目不分），总公司需承担连带清偿责任，此时可通过内部协议约定债务分担比例，但对外仍需共同清偿；
     
   • 第三方债权介入：若分支机构注销前将资产转让给第三方，总公司可主张撤销权（若转让价格明显低于市场价），或要求第三方在受益范围内承担责任。

行动建议：总公司应立即启动以下程序：

1. 成立专项小组核查分支机构财务状况，固定债权证据；
   
2. 联系分支机构注销登记机关，调取清算报告及债权人公告记录；
   
3. 若发现清算程序违法，向法院申请强制清算或追究清算组成员责任；
   
4. 协商不成时，在3年诉讼时效内提起民事诉讼，主张债权及利息。
   

如有进一步细节需补充（如分支机构注册类型、债务形成背景），可提供具体信息以便针对性分析。