结论：一般土地建房后村主任将其性质改为基本农田，这一行为通常是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这一问题。

一、土地性质变更的法律规定

根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地用途的变更，特别是将非农用地变更为农用地（如基本农田），需要经过严格的审批程序。基本农田是受到特殊保护的农用地，其变更更是受到严格限制。村主任作为基层管理人员，并无权擅自改变土地性质。

二、土地性质变更的合法程序

1. 申请与审批：如果确实需要变更土地性质，应当由土地使用者或相关权利人向县级以上人民政府土地行政主管部门提出申请，并提交相关材料，如土地利用现状图、规划图等。经过审批后，方可进行土地性质的变更。
2. 公告与听证：在审批过程中，相关部门应当进行公告，并听取相关利害关系人的意见。这是保障公众知情权和参与权的重要环节。
3. 登记与公告：土地性质变更后，还需要进行土地登记，并公告变更结果。这是确保土地权属清晰、避免纠纷的重要措施。

三、村主任擅自改变土地性质的后果

1. 行政责任：村主任擅自改变土地性质，可能面临行政处罚，如警告、罚款等。如果情节严重，还可能被撤销职务或受到更严厉的行政处分。
2. 民事责任：如果村主任的行为给土地使用者或相关权利人造成了损失，还应当承担民事赔偿责任。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果村主任的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，还可能面临刑事追究。

四、针对你情况的具体建议

1. 核实土地性质：首先，你需要核实该土地原来的性质以及变更后的性质是否确实为基本农田。这可以通过查询土地登记资料或咨询当地土地行政主管部门来实现。
2. 收集证据：如果确认村主任擅自改变了土地性质，你需要收集相关证据，如土地利用现状图、规划图、变更前后的照片等，以证明村主任的行为。
3. 寻求法律帮助：你可以向当地土地行政主管部门举报村主任的行为，并要求其进行调查处理。同时，你也可以咨询专业律师（即我，谢瑛律师，专注于房产纠纷、婚姻家庭领域），了解你的法律权益和可能的救济途径。

总结：村主任擅自改变土地性质为基本农田的行为通常是不合法的。如果你遇到这种情况，应当核实土地性质、收集证据，并及时寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。