结论：被告在二审中申请注销且未依法清算，法院不一定会直接驳回原告起诉，具体结果取决于多种因素，包括注销程序的合法性、清算义务的履行情况以及原告的诉讼请求等。

分析说明：

1. 注销程序的合法性：

   • 如果被告公司的注销程序完全合法，且已经完成了清算义务，那么法院在审查相关证据后，可能会认为被告公司已经不存在，从而驳回原告的起诉。但这种情况较为少见，因为合法注销且完成清算的公司，通常不会面临诉讼问题。
   • 如果被告公司的注销程序存在瑕疵，或者未依法进行清算，那么法院不会仅仅因为公司注销就驳回原告的起诉。相反，法院可能会要求被告公司的股东、董事或实际控制人承担清算责任，或者根据具体情况判决其他相关责任。

2. 清算义务的履行情况：

   • 根据《公司法》及相关司法解释，公司解散后应当依法进行清算，清算义务人（通常是股东、董事或实际控制人）应当履行清算义务。如果清算义务人未履行清算义务，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失，或者公司主要财产、账册、重要文件等灭失，无法进行清算，债权人可以主张其对公司债务承担连带清偿责任。
   • 在二审中，如果被告公司未依法清算就申请注销，且原告能够提供证据证明清算义务人未履行清算义务，那么法院很可能会支持原告的诉讼请求，要求清算义务人承担相应责任。

3. 原告的诉讼请求：

   • 原告的诉讼请求也是法院考虑是否驳回起诉的重要因素。如果原告的诉讼请求是要求被告公司承担某种责任（如赔偿损失、履行合同等），而被告公司已经注销且未依法清算，那么法院可能会根据具体情况判决清算义务人承担相应责任，而不是直接驳回原告的起诉。
   • 如果原告的诉讼请求存在瑕疵或者无法成立，那么法院可能会驳回原告的起诉。但这与被告公司是否注销以及是否依法清算无直接关系。

行动建议：

• 对于原告：如果面临被告公司在二审中申请注销且未依法清算的情况，应当积极收集证据证明清算义务人未履行清算义务，并向法院提出相应的诉讼请求。同时，也可以考虑申请法院对被告公司的财产进行保全，以防止财产流失。
• 对于被告公司的股东、董事或实际控制人：如果面临因未依法清算而可能承担的法律责任，应当尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并积极配合法院进行清算工作，以减轻或避免法律责任。

法律依据：

• 《公司法》第一百八十三条：“公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。”
• 《公司法司法解释（二）》第十八条：“有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东未在法定期限内成立清算组开始清算，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失，债权人主张其在造成损失范围内对公司债务承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。上述情形系实际控制人原因造成，债权人主张实际控制人对公司债务承担相应民事责任的，人民法院应依法予以支持。”