结论：在聚众斗殴案件中，三人持棒子打对方两人，即使仅造成轻微伤，检察院仍有可能以“持械聚众斗殴”提起公诉，但具体是否定罪需结合案件细节综合判断。以下从法律定义、构成要件、司法实践三个角度展开分析：
一、法律定义与构成要件
根据《刑法》第二百九十二条，聚众斗殴罪的构成要件包括：
- 主观方面：故意挑起事端、报复他人或争霸一方等主观恶性；
- 客观方面：实施聚众斗殴行为，且人数达三人以上；
- 加重情节：若存在“持械”情形，法定刑升格为三年以上十年以下有期徒刑。
关键点：“持械”是法定加重情节，但法律未明确“械”的具体范围。司法实践中，通常将“械”解释为具有杀伤力的工具，如棍棒、刀具、砖块等。棒子属于棍棒类工具，若被认定为“械”，则符合加重情节。
二、司法实践中的认定标准
“持械”的认定：
- 工具性质：棒子若为木质、金属等材质，且长度、粗细足以造成伤害，通常会被认定为“械”；
- 使用方式：即使未实际使用，但携带并展示以威胁对方，也可能被认定为“持械”；
- 主观意图：行为人是否具有使用工具伤害对方的故意，是判断“持械”的关键。
伤害结果的考量：
- 轻微伤不影响“持械聚众斗殴”的定性，但可能影响量刑。根据《刑法》规定，持械是法定加重情节，与伤害结果无关；
- 若造成轻伤以上后果，可能同时构成故意伤害罪，需数罪并罚。
案件细节的影响：
- 斗殴原因：如因民间纠纷引发，且双方存在过错，可能从轻处罚；
- 行为表现：如主动投案、赔偿损失、取得谅解等，可能影响量刑；
- 主观恶性：如预谋斗殴、多次参与斗殴等，可能加重处罚。
三、可能面临的法律后果
- 定罪：若检察院认定“持械聚众斗殴”，将提起公诉，法院可能判处三年以上十年以下有期徒刑；
- 量刑：具体刑期需结合案件细节，如持械方式、伤害结果、主观恶性等；
- 辩护方向：
- 否认“持械”：论证棒子不属于“械”，或未实际使用；
- 否认主观故意：论证行为人无伤害故意，或属于防卫行为；
- 争取从轻处罚：如自首、立功、赔偿损失等。
四、建议
- 及时委托律师：聚众斗殴案件涉及刑事责任，建议尽快委托专业律师介入，分析案件细节，制定辩护策略；
- 收集证据：如监控录像、证人证言、医疗记录等，证明行为人无主观故意或未实际使用工具；
- 积极赔偿：与对方协商赔偿，取得谅解，争取从轻处罚。
总结：三人持棒子斗殴两人，即使仅造成轻微伤，检察院仍可能以“持械聚众斗殴”提起公诉。具体是否定罪及量刑，需结合案件细节综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。