结论：在民间借贷纠纷中，如果欠条或借款协议上只有个人签字而没有加盖公司公章，是否会将公司法人列为被告，主要取决于借款的实际用途、借款人与公司的关系以及相关证据情况。以下从不同角度进行分析：
借款为个人行为：
- 如果借款完全是由个人发起，且借款资金也直接进入了个人账户，用于个人消费或投资，与公司无关，那么在这种情况下，即使借款协议上有个人签字，公司法人通常不会被列为被告。因为此时借款行为属于个人债务，与公司无关，应由个人承担还款责任。
借款为公司行为但未加盖公章：
- 如果借款实际上是为了公司的经营或发展，但由于某种原因（如公章不在身边、忘记加盖等）没有加盖公司公章，但有其他证据（如公司授权书、公司账户收款记录、公司事后追认等）证明借款是公司行为，那么在这种情况下，公司可能会被列为被告，而公司法人作为公司的代表，可能会在诉讼中代表公司出庭。但需要注意的是，最终的责任承担者仍然是公司，而不是法人个人，除非法人个人也作为共同借款人或担保人签字。
借款行为存在表见代理情形：
- 表见代理是指行为人虽无代理权，但由于本人的行为，造成了足以使善意第三人相信其有代理权的表象，而与善意第三人进行的、由本人承担法律后果的代理行为。在民间借贷中，如果借款人以公司的名义借款，且相对人有理由相信借款人有代理权（如借款人持有公司公章、合同章或介绍信等，或者借款人长期以公司名义进行类似交易），即使实际上借款人没有代理权或超越了代理权，公司也可能因表见代理而被列为被告。在这种情况下，公司法人可能会作为公司的代表参与诉讼。
法人个人作为共同借款人或担保人：
- 如果法人个人在借款协议上作为共同借款人或担保人签字，那么无论借款是个人行为还是公司行为，法人个人都将承担还款责任或担保责任。在这种情况下，法人个人肯定会被列为被告。
法律建议：
- 对于出借人而言，在签订借款协议时，应明确借款人的身份和借款用途，并要求借款人加盖公章（如果借款人为公司）或提供其他有效证据证明借款行为的合法性。同时，可以考虑要求法人个人作为共同借款人或担保人签字，以增加还款的保障。
- 对于借款人（无论是个人还是公司）而言，应严格遵守借款协议的约定，按时还款。如果因特殊原因无法按时还款，应及时与出借人沟通并协商解决方案，避免引发法律纠纷。
- 如果已经发生法律纠纷，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并制定合适的诉讼策略。
可能法律后果：
- 如果借款被认定为个人债务，且个人无法按时还款，可能会面临被出借人起诉、财产被查封或冻结、个人信用受损等法律后果。
- 如果借款被认定为公司债务，但公司无法按时还款，公司可能会面临被出借人起诉、资产被拍卖或变卖、公司信用受损等法律后果。同时，如果法人个人作为共同借款人或担保人签字，还可能面临个人财产被查封或冻结等法律后果。